Bm.qc combine: Difference between revisions

From Cbcb
Jump to navigation Jump to search
No edit summary
 
No edit summary
 
(5 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
<nowiki>                                      454       sanger         hybrid
                                    boost2            454         Sanger         hybrid
[Scaffolds]            
  [Info]
TotalScaffolds                      1406          10148          10254
  assemblyDate                          ?      02/24/10        2/24/10        2/24/10
TotalContigsInScaffolds            1513          12659          13607
  inputReads                    Sanger(all)           454    Sanger(filt)    454+Sanger(filt)
MeanContigsPerScaffold              1.08           1.25          1.33
  wgsVersion                            ?      6.0-beta      6.0-beta      6.0-beta
MinContigsPerScaffold                  1              1              1
  unitigger                          utg?            bog            bog            bog
MaxContigsPerScaffold                  5             40             48
  ovlOverlapper                      ovl?            mer            mer            mer
TotalBasesInScaffolds           1980831      82012118      84309668
  obtMerThreshold                        ?            200            200            400
MeanBasesInScaffolds                1409          8082          8222
  ovlMerThreshold                        ?             60             60           120
MinBasesInScaffolds                  585            904            283
  aStat        boostLargeCtgEndSurrogates        default       default       default
MaxBasesInScaffolds                7572       2307981       1721555
 
N25ScaffoldBases                    1753        129247        472523
  [Scaffolds]             
N50ScaffoldBases                    1289         46197        117198
  TotalScaffolds                      8236          1406          10148         10254
N75ScaffoldBases                    1109         14222         18959
  TotalContigsInScaffolds            11714          1513         12659         13607
ScaffoldAt1000000                  1285            NA            NA
  MeanContigsPerScaffold              1.42           1.08           1.25          1.33
TotalSpanOfScaffolds            2226417      87454189      94122201
  MinContigsPerScaffold                  1              1              1              1
MeanSpanOfScaffolds                1584           8618           9179
  MaxContigsPerScaffold                188              5            40            48
MinScaffoldSpan                      585            904            283
  TotalBasesInScaffolds           70676234        1980831      82012118      84309668
MaxScaffoldSpan                    23313        2323624        1788901
  MeanBasesInScaffolds            8581.38           1409          8082           8222
IntraScaffoldGaps                    107           2511          3353
  MinBasesInScaffolds                  778            585            904            283
2KbScaffolds                        131           3701           3193
  MaxBasesInScaffolds              6421643           7572        2307981        1721555
2KbScaffoldSpan                  663003      78716002      84858641
  N50ScaffoldBases                  93771          1289          46197        117198
MeanSequenceGapLength              2295           2167          2926
  TotalSpanOfScaffolds            77496734        2226417      87454189      94122201
 
   MeanSpanOfScaffolds              9409.51          1584          8618          9179
[Top5Scaffolds=contigs,size,span,avgContig,avgGap,EUID]
  MinScaffoldSpan                      778            585            904            283
0          4,7572,7789,1893,72,7180000390137   40,2307981,2323624,57700,401,1328704 48,1721555,1788901,35866,1433,1555904
  MaxScaffoldSpan                  6532311          23313        2323624        1788901
1          5,6479,8696,1296,554,7180000388860  24,1516999,1532321,63208,666,1328701 15,1185197,1203477,79013,1306,1555865
  IntraScaffoldGaps                  3478            107          2511          3353
2          2,6083,6694,3042,611,7180000388747  23,1340524,1356064,58284,706,1328703 11,1108784,1129504,100799,2072,1555857
  N25ScaffoldBases                      NA          1753        129247        472523
3          4,5906,8258,1476,784,7180000388779  15,1140592,1149533,76039,639,1328720 14,1079545,1092527,77110,999,1555669
  N75ScaffoldBases                      NA          1109          14222          18959
4          4,5514,8532,1378,1006,7180000389227 25,1070426,1081655,42817,468,1328702 17,1022143,1026496,60126,272,1555876
  2KbScaffolds                          NA            131          3701          3193
total      19,31554,39969,1661,601            127,7376522,7443197,58083,547        105,6117224,6240905,58259,1237
  2KbScaffoldSpan                      NA        663003      78716002      84858641
 
  MeanSequenceGapLength              1961          2295          2167          2926
[Contigs]               
   
TotalContigsInScaffolds            1513          12659          13607
  [Top5Scaffolds=contigs,size,span,avgContig,avgGap]
TotalBasesInScaffolds            1980831      82012118      84309668
  0          188,6421643,6532311,34157,591    4,7572,7789,1893,72      40,2307981,2323624,57700,401  48,1721555,1788901,35866,1433
TotalVarRecords                    1953         86085        145646
  1          57,3798332,3953718,66637,2774    5,6479,8696,1296,554    24,1516999,1532321,63208,666  15,1185197,1203477,79013,1306
MeanContigLength                    1309          6479          6196
  2         34,3329997,3480804,97941,4569    2,6083,6694,3042,611    23,1340524,1356064,58284,706  11,1108784,1129504,100799,2072
MinContigLength                      280            274            66
  3          97,3001588,3057655,30944,584      4,5906,8258,1476,784    15,1140592,1149533,76039,639  14,1079545,1092527,77110,999
MaxContigLength                    4952        565900        522243
  4         18,1841703,1968674,102316,7468    4,5514,8532,1378,1006    25,1070426,1081655,42817,468  17,1022143,1026496,60126,272
N25ContigBases                      1527          65357        101916
  total      394,18393263,18993162,46683,1542  19,31554,39969,1661,601  127,7376522,7443197,58083,547  105,6117224,6240905,58259,1237
N50ContigBases                      1257         27474          30726
 
N75ContigBases                      1097          6100          5654
  [Contigs]               
 
  TotalContigsInScaffolds            11714          1513         12659         13607
[BigContigs_greater_10000]
  TotalBasesInScaffolds          70676234        1980831      82012118       84309668
TotalBigContigs                        0          1609          1417
  N50ContigBases                    25236           1257          27474          30726
BigContigLength                        0      57310605      58560900
  TotalVarRecords                       NA          1953          86085        145646
MeanBigContigLength                    0          35619          41327
  MeanContigLength                    6033          1309          6479          6196
MinBigContig                          0          10014          10024
  MinContigLength                      206            280            274            66
MaxBigContig                          0        565900        522243
  MaxContigLength                  611010          4952         565900        522243
BigContigsPercentBases              0.00         69.88         69.46
  N25ContigBases                        NA           1527          65357        101916
 
  N50ContigBases                    25236           1257          27474         30726
[SmallContigs]         
  N75ContigBases                        NA          1097          6100          5654
TotalSmallContigs                  1513          11050          12190
 
SmallContigLength                1980831      24701513       25748768
  [BigContigs_greater_10000]
MeanSmallContigLength              1309           2235          2112
  TotalBigContigs                    1208              0          1609           1417
MinSmallContig                       280            274            66
  BigContigLength                46649303              0       57310605       58560900
MaxSmallContig                      4952          9968           9975
  MinBigContig                      10018              0         10014         10024
SmallContigsPercentBases         100.00          30.12          30.54
  MaxBigContig                      611010              0        565900        522243
 
  BigContigsPercentBases             66.00          0.00         69.88         69.46
[DegenContigs]          
  MeanBigContigLength                38616              0          35619          41327
TotalDegenContigs                192840           8497        114780
 
DegenContigLength              56098824       10297846       42193843
  [SmallContigs]          
DegenVarRecords                    66751         10425         57124
  TotalSmallContigs                  10506          1513          11050         12190
MeanDegenContigLength                291          1212            368
  SmallContigLength              24026931        1980831      24701513       25748768
MinDegenContig                        63             65            63
  MeanSmallContigSize              2286.97            NA            NA            NA
MaxDegenContig                      5688          82776          25405
  MinSmallContig                      206            280            274            66
DegenPercentBases                2832.09         12.56         50.05
  MaxSmallContig                      9993          4952          9968          9975
 
  SmallContigsPercentBases          34.00        100.00          30.12         30.54
[Top5Contigs=reads,bases,EUID]
  MeanSmallContigLength                 NA          1309          2235          2112
0         227,4952,7180000388746    7237,565900,1321798       17214,522243,1546057   
 
1          113,4737,7180000388714    4447,351060,1320167      18092,508032,1545415   
  [DegenContigs]          
2          327,4094,7180000388717    4699,331465,1321830      8957,400176,1545843     
  TotalDegenContigs                  18868        192840          8497        114780
3          210,3799,7180000388743    3610,306648,1321845      13159,379926,1546078   
  DegenContigLength              17526009      56098824      10297846      42193843
4         105,3688,7180000388727    4775,301942,1321734      12954,379724,1546244   
  MinDegenContig                        71            63             65             63
total      982,21270                 24768,1857015            70376,2190101           
  MaxDegenContig                    54918          5688          82776          25405
 
  DegenPercentBases                  24.80        2832.09          12.56          50.05
[UniqueUnitigs]        
  DegenVarRecords                      NA          66751          10425          57124
TotalUUnitigs                      1534          26192          36145
  MeanDegenContigLength                928            291           1212            368
MinUUnitigLength                      72             64             64
 
MaxUUnitigLength                    4155        307689        132923
  [Top5Contigs=reads,bases,EUID]
MeanUUnitigLength                  1301          2774          2515
  0                          11363,611010      227,4952    7237,565900  17214,522243
SDUUnitigLength                      394           6807          5214
  1                          10025,523376       113,4737    4447,351060  18092,508032
 
  2                            8614,412675       327,4094    4699,331465    8957,400176
[Surrogates]           
  3                            7453,409597       210,3799    3610,306648  13159,379926
TotalSurrogates                      20          5856          6785
  4                            6001,383913       105,3688    4775,301942  12954,379724   
SurrogateInstances                    20          7225          8483
  total                      43456,2340571      982,21270  24768,1857015  70376,2190101            
SurrogateLength                    8484       17192360        9886209
 
SurrogateInstanceLength            8388       25015803       15522342
  [Surrogates]           
UnPlacedSurrReadLen                81891      239498624      120812859
  TotalSurrogates                      NA            20           5856           6785
PlacedSurrReadLen                  1170       37248682      33034388
  SurrogateInstances                   NA            20           7225           8483
MinSurrogateLength                    96           161            65
  SurrogateLength                      NA          8484      17192360        9886209
MaxSurrogateLength                  1285          90056          58392
  SurrogateInstanceLength              NA          8388      25015803      15522342
MeanSurrogateLength                  424           2936           1457
  UnPlacedSurrReadLen                  NA         81891      239498624      120812859
SDSurrogateLength                   262           6189           2509
  PlacedSurrReadLen                    NA          1170      37248682      33034388
 
  MinSurrogateLength                  140            96           161            65
[Mates]                 
  MaxSurrogateLength                67942          1285          90056          58392
ReadsWithNoMate         2197998(83.93%) 117707(10.03%)2347967(60.99%)
  MeanSurrogateLength                2063            424          2936          1457
ReadsWithGoodMate           1044(0.04%) 465244(39.65%) 806560(20.95%)
  SDSurrogateLength                  3010           262          6189          2509
ReadsWithBadShortMate        158(0.01%)    1760(0.15%)    2092(0.05%)
 
ReadsWithBadLongMate           8(0.00%)   1036(0.09%)   2488(0.06%)
  [Mates]                 
ReadsWithSameOrientMate        86(0.00%)     910(0.08%)   5592(0.15%)
  ReadsWithNoMate                  1011672197998(83.93%) 117707(10.03%)2347967(60.99%)
ReadsWithOuttieMate           72(0.00%)     368(0.03%)    1772(0.05%)
  ReadsWithBadMate                    2388            NA            NA            NA
ReadsWithBothChaffMate      27690(1.06%)  53194(4.53%)   48840(1.27%)
  ReadsWithGoodMate                524910    1044(0.04%) 465244(39.65%) 806560(20.95%)
ReadsWithChaffMate        100682(3.84%)  36650(3.12%) 104996(2.73%)
  ReadsWithUnusedMate              604540            NA            NA            NA
ReadsWithBothDegenMate   279388(10.67%) 199770(17.03%) 213034(5.53%)
  TotalScaffoldLinks                    87              4            116           387
ReadsWithDegenMate          11342(0.43%)  51246(4.37%)  90260(2.34%)
  MeanScaffoldLinkWeight              4.46          2.50          3.50          8.70
ReadsWithBothSurrMate          0(0.00%)     416(0.04%)     110(0.00%)
  ReadsWithBadShortMate                NA     158(0.01%)    1760(0.15%)   2092(0.05%)
ReadsWithSurrogateMate        24(0.00%) 226444(19.30%) 174634(4.54%)
   ReadsWithBadLongMate                  NA      8(0.00%)   1036(0.09%)   2488(0.06%)
ReadsWithDiffScafMate        348(0.01%)  18596(1.58%)  51496(1.34%)
   ReadsWithSameOrientMate              NA      86(0.00%)     910(0.08%)    5592(0.15%)
ReadsWithUnassignedMate        0(0.00%)       0(0.00%)       0(0.00%)
  ReadsWithOuttieMate                  NA      72(0.00%)     368(0.03%)   1772(0.05%)
TotalScaffoldLinks                    4           116            387
   ReadsWithBothChaffMate                NA  27690(1.06%)  53194(4.53%)   48840(1.27%)
MeanScaffoldLinkWeight              2.50          3.50          8.70
  ReadsWithChaffMate                    NA  100682(3.84%)   36650(3.12%) 104996(2.73%)
 
  ReadsWithBothDegenMate                NA 279388(10.67%) 199770(17.03%) 213034(5.53%)
[Reads]                  
  ReadsWithDegenMate                    NA  11342(0.43%)  51246(4.37%)  90260(2.34%)
TotalReadsInput                  3297077        1178192        4475269
  ReadsWithBothSurrMate                NA      0(0.00%)     416(0.04%)    110(0.00%)
TotalUsableReads                2618840        1173341        3849841
  ReadsWithSurrogateMate                NA      24(0.00%) 226444(19.30%)  174634(4.54%)
AvgClearRange                        235            791            410
  ReadsWithDiffScafMate                NA    348(0.01%)  18596(1.58%)  51496(1.34%)
ContigReads                 47342(1.81%) 678087(57.79%)1657932(43.06%)
  ReadsWithUnassignedMate              NA      0(0.00%)      0(0.00%)      0(0.00%)
BigContigReads                 0(0.00%) 559113(47.65%)1407760(36.57%)
 
SmallContigReads           47342(1.81%) 118974(10.14%)  250172(6.50%)
  [Reads]                  
DegenContigReads         1530785(58.45%)  109437(9.33%)1052007(27.33%)
  TotalReadsInput                  1233005        3297077        1178192        4475269
SurrogateReads               376(0.01%) 342175(29.16%)  281402(7.31%)
  ContigReads               784696(63.64%)  47342(1.81%) 678087(57.79%)1657932(43.06%)
PlacedSurrogateReads          12(0.00%)   45413(3.87%)  46384(1.20%)
  BigContigReads           648924(52.62%)      0(0.00%) 559113(47.65%)1407760(36.57%)
SingletonReads          1040349(39.73%)  89055(7.59%) 904884(23.50%)
  SmallContigReads         135772(11.01%)  47342(1.81%) 118974(10.14%)  250172(6.50%)
ChaffReads              1039561(39.70%)   89048(7.59%) 904272(23.49%)
  DegenContigReads         132616(10.75%)1530785(58.45%)  109437(9.33%)1052007(27.33%)
 
  SurrogateReads           139594(11.32%)    376(0.01%) 342175(29.16%)  281402(7.31%)
[Coverage]             
  SingletonReads            176099(14.28%)1040349(39.73%)  89055(7.59%) 904884(23.50%)
ContigsOnly                        5.46          6.62          10.91
   TotalUsableReads                      NA        2618840        1173341        3849841
Contigs_Surrogates                  5.50          9.54          12.35
  AvgClearRange                        NA            235            791            410
Contigs_Degens_Surrogates           6.20          9.41         10.46
  PlacedSurrogateReads                  NA      12(0.00%)   45413(3.87%)  46384(1.20%)
AllReads                          310.18          11.32          18.73
  ChaffReads                            NA1039561(39.70%)  89048(7.59%) 904272(23.49%)
 
 
[TotalBaseCounts]       
  [Coverage]             
BasesCount                            NA            NA            NA
  ContigsOnly                        9.61          5.46           6.62         10.91
ClearRangeLengthFRG                  NA             NA             NA
  ContigsAndDegens                  10.94            NA            NA            NA
ClearRangeLengthASM            614416134      927974911    1579010968
  AllReads                          12.47        310.18          11.32          18.73
SurrogateBaseLength                83061      276747306      153847247
  Contigs_Surrogates                    NA           5.50          9.54          12.35
ContigBaseLength                10821164      542975021      920163174
  Contigs_Degens_Surrogates             NA           6.20          9.41          10.46
DegenBaseLength                349180617      86620911      282002680
 
SingletonBaseLength            254332462      58880355      256032255
  [gcContent]             
Contig_SurrBaseLength          10903055      782473645    1040976033
  Content                            0.30          32.70          30.11          29.99
 
 
[gcContent]            
  [UniqueUnitigs]        
Content                            32.70         30.11         29.99
  TotalUUnitigs                        NA          1534         26192         36145
 
  MinUUnitigLength                      NA            72            64            64
[Unitig Consensus]     
  MaxUUnitigLength                      NA          4155        307689        132923
NumColumnsInUnitigs            938983681      476792687    1197917290
  MeanUUnitigLength                    NA          1301          2774          2515
NumGapsInUnitigs                2374725        1486629        4486947
  SDUUnitigLength                      NA            394          6807          5214
NumRunsOfGapsInUnitigReads      37987307      20659878      90359012
 
 
  [TotalBaseCounts]      
[Contig Consensus]      
  BasesCount                            NA            NA             NA            NA
NumColumnsInUnitigs             58875009      92725198      127951717
  ClearRangeLengthFRG                  NA            NA            NA            NA
NumGapsInUnitigs                  795848        417174        1450876
  ClearRangeLengthASM                  NA      614416134     927974911    1579010968
NumRunsOfGapsInUnitigReads     13186973        4439224      28262805
  SurrogateBaseLength                  NA          83061      276747306      153847247
NumColumnsInContigs            58856256       92705330     127898545
  ContigBaseLength                      NA       10821164      542975021     920163174
NumGapsInContigs                  776491        395785        1395140
  DegenBaseLength                      NA      349180617      86620911      282002680
NumRunsOfGapsInContigReads      12345375        4187916      26412719
  SingletonBaseLength                  NA      254332462      58880355      256032255
NumAAMismatches                    75765        148474        294243
  Contig_SurrBaseLength                NA      10903055      782473645    1040976033
NumVARStringsWithFlankingGaps      8689          23928          42375
 
</nowiki>
  [Unitig Consensus]     
  NumColumnsInUnitigs                  NA      938983681      476792687    1197917290
  NumGapsInUnitigs                      NA        2374725        1486629        4486947
  NumRunsOfGapsInUnitigReads            NA      37987307      20659878      90359012
 
  [Contig Consensus]     
  NumColumnsInUnitigs                  NA      58875009      92725198      127951717
  NumGapsInUnitigs                      NA        795848        417174        1450876
  NumRunsOfGapsInUnitigReads            NA      13186973        4439224      28262805
  NumColumnsInContigs                  NA      58856256      92705330      127898545
  NumGapsInContigs                      NA        776491        395785        1395140
  NumRunsOfGapsInContigReads            NA      12345375        4187916      26412719
  NumAAMismatches                      NA          75765        148474        294243
  NumVARStringsWithFlankingGaps        NA          8689          23928          42375

Latest revision as of 16:08, 1 March 2010

                                   boost2            454         Sanger         hybrid
 [Info]
 assemblyDate                           ?       02/24/10        2/24/10        2/24/10
 inputReads                    Sanger(all)           454    Sanger(filt)    454+Sanger(filt)
 wgsVersion                             ?       6.0-beta       6.0-beta       6.0-beta
 unitigger                           utg?            bog            bog            bog
 ovlOverlapper                       ovl?            mer            mer            mer
 obtMerThreshold                        ?            200            200            400
 ovlMerThreshold                        ?             60             60            120
 aStat         boostLargeCtgEndSurrogates        default        default        default
 
 [Scaffolds]              
 TotalScaffolds                      8236           1406          10148          10254
 TotalContigsInScaffolds            11714           1513          12659          13607
 MeanContigsPerScaffold              1.42           1.08           1.25           1.33
 MinContigsPerScaffold                  1              1              1              1
 MaxContigsPerScaffold                188              5             40             48
 TotalBasesInScaffolds           70676234        1980831       82012118       84309668
 MeanBasesInScaffolds             8581.38           1409           8082           8222
 MinBasesInScaffolds                  778            585            904            283
 MaxBasesInScaffolds              6421643           7572        2307981        1721555
 N50ScaffoldBases                   93771           1289          46197         117198
 TotalSpanOfScaffolds            77496734        2226417       87454189       94122201
 MeanSpanOfScaffolds              9409.51           1584           8618           9179
 MinScaffoldSpan                      778            585            904            283
 MaxScaffoldSpan                  6532311          23313        2323624        1788901
 IntraScaffoldGaps                   3478            107           2511           3353
 N25ScaffoldBases                      NA           1753         129247         472523
 N75ScaffoldBases                      NA           1109          14222          18959
 2KbScaffolds                          NA            131           3701           3193
 2KbScaffoldSpan                       NA         663003       78716002       84858641
 MeanSequenceGapLength               1961           2295           2167           2926
   
 [Top5Scaffolds=contigs,size,span,avgContig,avgGap]
 0          188,6421643,6532311,34157,591     4,7572,7789,1893,72      40,2307981,2323624,57700,401   48,1721555,1788901,35866,1433
 1          57,3798332,3953718,66637,2774     5,6479,8696,1296,554     24,1516999,1532321,63208,666   15,1185197,1203477,79013,1306
 2          34,3329997,3480804,97941,4569     2,6083,6694,3042,611     23,1340524,1356064,58284,706   11,1108784,1129504,100799,2072
 3          97,3001588,3057655,30944,584      4,5906,8258,1476,784     15,1140592,1149533,76039,639   14,1079545,1092527,77110,999
 4          18,1841703,1968674,102316,7468    4,5514,8532,1378,1006    25,1070426,1081655,42817,468   17,1022143,1026496,60126,272
 total      394,18393263,18993162,46683,1542  19,31554,39969,1661,601  127,7376522,7443197,58083,547  105,6117224,6240905,58259,1237
 
 [Contigs]                
 TotalContigsInScaffolds            11714           1513          12659          13607
 TotalBasesInScaffolds           70676234        1980831       82012118       84309668
 N50ContigBases                     25236           1257          27474          30726
 TotalVarRecords                       NA           1953          86085         145646
 MeanContigLength                    6033           1309           6479           6196
 MinContigLength                      206            280            274             66
 MaxContigLength                   611010           4952         565900         522243
 N25ContigBases                        NA           1527          65357         101916
 N50ContigBases                     25236           1257          27474          30726
 N75ContigBases                        NA           1097           6100           5654
 
 [BigContigs_greater_10000]
 TotalBigContigs                     1208              0           1609           1417
 BigContigLength                 46649303              0       57310605       58560900
 MinBigContig                       10018              0          10014          10024
 MaxBigContig                      611010              0         565900         522243
 BigContigsPercentBases             66.00           0.00          69.88          69.46
 MeanBigContigLength                38616              0          35619          41327
 
 [SmallContigs]           
 TotalSmallContigs                  10506           1513          11050          12190
 SmallContigLength               24026931        1980831       24701513       25748768
 MeanSmallContigSize              2286.97             NA             NA             NA
 MinSmallContig                       206            280            274             66
 MaxSmallContig                      9993           4952           9968           9975
 SmallContigsPercentBases           34.00         100.00          30.12          30.54
 MeanSmallContigLength                 NA           1309           2235           2112
 
 [DegenContigs]           
 TotalDegenContigs                  18868         192840           8497         114780
 DegenContigLength               17526009       56098824       10297846       42193843
 MinDegenContig                        71             63             65             63
 MaxDegenContig                     54918           5688          82776          25405
 DegenPercentBases                  24.80        2832.09          12.56          50.05
 DegenVarRecords                       NA          66751          10425          57124
 MeanDegenContigLength                928            291           1212            368
 
 [Top5Contigs=reads,bases,EUID]
 0                           11363,611010       227,4952    7237,565900   17214,522243
 1                           10025,523376       113,4737    4447,351060   18092,508032
 2                            8614,412675       327,4094    4699,331465    8957,400176
 3                            7453,409597       210,3799    3610,306648   13159,379926
 4                            6001,383913       105,3688    4775,301942   12954,379724     
 total                      43456,2340571      982,21270  24768,1857015  70376,2190101            
 
 [Surrogates]             
 TotalSurrogates                       NA             20           5856           6785
 SurrogateInstances                    NA             20           7225           8483
 SurrogateLength                       NA           8484       17192360        9886209
 SurrogateInstanceLength               NA           8388       25015803       15522342
 UnPlacedSurrReadLen                   NA          81891      239498624      120812859
 PlacedSurrReadLen                     NA           1170       37248682       33034388 
 MinSurrogateLength                   140             96            161             65
 MaxSurrogateLength                 67942           1285          90056          58392
 MeanSurrogateLength                 2063            424           2936           1457
 SDSurrogateLength                   3010            262           6189           2509
 
 [Mates]                  
 ReadsWithNoMate                   1011672197998(83.93%) 117707(10.03%)2347967(60.99%)
 ReadsWithBadMate                    2388             NA             NA             NA
 ReadsWithGoodMate                 524910    1044(0.04%) 465244(39.65%) 806560(20.95%)
 ReadsWithUnusedMate               604540             NA             NA             NA
 TotalScaffoldLinks                    87              4            116            387
 MeanScaffoldLinkWeight              4.46           2.50           3.50           8.70
 ReadsWithBadShortMate                 NA     158(0.01%)    1760(0.15%)    2092(0.05%)
 ReadsWithBadLongMate                  NA       8(0.00%)    1036(0.09%)    2488(0.06%)
 ReadsWithSameOrientMate               NA      86(0.00%)     910(0.08%)    5592(0.15%)
 ReadsWithOuttieMate                   NA      72(0.00%)     368(0.03%)    1772(0.05%)
 ReadsWithBothChaffMate                NA   27690(1.06%)   53194(4.53%)   48840(1.27%)
 ReadsWithChaffMate                    NA  100682(3.84%)   36650(3.12%)  104996(2.73%)
 ReadsWithBothDegenMate                NA 279388(10.67%) 199770(17.03%)  213034(5.53%)
 ReadsWithDegenMate                    NA   11342(0.43%)   51246(4.37%)   90260(2.34%)
 ReadsWithBothSurrMate                 NA       0(0.00%)     416(0.04%)     110(0.00%)
 ReadsWithSurrogateMate                NA      24(0.00%) 226444(19.30%)  174634(4.54%)
 ReadsWithDiffScafMate                 NA     348(0.01%)   18596(1.58%)   51496(1.34%)
 ReadsWithUnassignedMate               NA       0(0.00%)       0(0.00%)       0(0.00%)
 
 [Reads]                  
 TotalReadsInput                  1233005        3297077        1178192        4475269
 ContigReads               784696(63.64%)   47342(1.81%) 678087(57.79%)1657932(43.06%)
 BigContigReads            648924(52.62%)       0(0.00%) 559113(47.65%)1407760(36.57%)
 SmallContigReads          135772(11.01%)   47342(1.81%) 118974(10.14%)  250172(6.50%)
 DegenContigReads          132616(10.75%)1530785(58.45%)  109437(9.33%)1052007(27.33%)
 SurrogateReads            139594(11.32%)     376(0.01%) 342175(29.16%)  281402(7.31%)
 SingletonReads            176099(14.28%)1040349(39.73%)   89055(7.59%) 904884(23.50%)
 TotalUsableReads                      NA        2618840        1173341        3849841
 AvgClearRange                         NA            235            791            410
 PlacedSurrogateReads                  NA      12(0.00%)   45413(3.87%)   46384(1.20%)
 ChaffReads                            NA1039561(39.70%)   89048(7.59%) 904272(23.49%)
 
 [Coverage]               
 ContigsOnly                         9.61           5.46           6.62          10.91
 ContigsAndDegens                   10.94             NA             NA             NA
 AllReads                           12.47         310.18          11.32          18.73
 Contigs_Surrogates                    NA           5.50           9.54          12.35
 Contigs_Degens_Surrogates             NA           6.20           9.41          10.46
 
 [gcContent]              
 Content                             0.30          32.70          30.11          29.99
 
 [UniqueUnitigs]          
 TotalUUnitigs                         NA           1534          26192          36145
 MinUUnitigLength                      NA             72             64             64
 MaxUUnitigLength                      NA           4155         307689         132923
 MeanUUnitigLength                     NA           1301           2774           2515
 SDUUnitigLength                       NA            394           6807           5214
 
 [TotalBaseCounts]        
 BasesCount                            NA             NA             NA             NA
 ClearRangeLengthFRG                   NA             NA             NA             NA
 ClearRangeLengthASM                   NA      614416134      927974911     1579010968
 SurrogateBaseLength                   NA          83061      276747306      153847247
 ContigBaseLength                      NA       10821164      542975021      920163174
 DegenBaseLength                       NA      349180617       86620911      282002680
 SingletonBaseLength                   NA      254332462       58880355      256032255
 Contig_SurrBaseLength                 NA       10903055      782473645     1040976033
 
 [Unitig Consensus]       
 NumColumnsInUnitigs                   NA      938983681      476792687     1197917290
 NumGapsInUnitigs                      NA        2374725        1486629        4486947
 NumRunsOfGapsInUnitigReads            NA       37987307       20659878       90359012
 
 [Contig Consensus]       
 NumColumnsInUnitigs                   NA       58875009       92725198      127951717
 NumGapsInUnitigs                      NA         795848         417174        1450876
 NumRunsOfGapsInUnitigReads            NA       13186973        4439224       28262805
 NumColumnsInContigs                   NA       58856256       92705330      127898545
 NumGapsInContigs                      NA         776491         395785        1395140
 NumRunsOfGapsInContigReads            NA       12345375        4187916       26412719
 NumAAMismatches                       NA          75765         148474         294243
 NumVARStringsWithFlankingGaps         NA           8689          23928          42375
Retrieved from "https://wiki.umiacs.umd.edu/cbcb/index.php?title=Bm.qc_combine&oldid=6813"