Pseudomonas aeruginosa: Difference between revisions

From Cbcb
Jump to navigation Jump to search
← Older editNewer edit →
Dpuiu (talk | contribs)
6,003 edits
No edit summary
Dpuiu (talk | contribs)
6,003 edits
Line 32: Line 32:


=== CBCB ===
=== CBCB ===
1. 2007_1203_AMOSCmp-PAO1
2. 2007_1203_AMOSCmp-PAO1-relaxed
3. 2007_1204_AMOSCmp-PA14
4. 2007_1204_AMOSCmp-PA14-relaxed
QC stats:
  Assembly                              1              2              3              4
  ======================================================================================
  [Info]
  REF                                PAO1          PAO1          PA14          PA14
  MINCLUSTER                            20            20            20            20
  MINOVL                                10              3            10              3
  MAJORITY                              70            50            70            50
  [Scaffolds]
  TotalScaffolds                        1              1              1              1
  TotalContigsInScaffolds            4412          2197          3226          1828
  MeanContigsPerScaffold              4412          2197          3226          1828
  MinContigsPerScaffold              4412          2197          3226          1828
  MaxContigsPerScaffold              4412          2197          3226          1828
  TotalBasesInScaffolds            6000280        5985597        6137031        6127761
  MeanBasesInScaffolds            6000280        5985597        6137031        6127761
  MaxBasesInScaffolds              6000280        5985597        6137031        6127761
  N50ScaffoldBases                6000280        5985597        6137031        6127761
  TotalSpanOfScaffolds            6264430        6264430        6537674        6537674
  MeanSpanOfScaffolds              6264430        6264430        6537674        6537674
  MinScaffoldSpan                  6264430        6264430        6537674        6537674
  MaxScaffoldSpan                  6264430        6264430        6537674        6537674
  IntraScaffoldGaps                  4411          2196          3225          1827
  2KbScaffolds                          1              1              1              1
  2KbScaffoldSpan                  6264430        6264430        6537674        6537674
  2KbScaffoldPercent                  100            100            100            100
  MeanSequenceGapSize                  59            126            123            223
  [Contigs]
  TotalContigs                        4412          2197          3226          1828
  TotalBasesInContigs              6620035        6602214        6791916        6782045
  MeanContigSize                      1500          3005          2105          3710
  MinContigSize                        33            33            33            33
  MaxContigSize                      21576          46268          61425          86811
  N50ContigBases                      3548          8478          6480          14280
  [BigContigs_greater_10000]
  TotalBigContigs                      44            173            142            229
  BigContigLength                  547699        2709766        2127747        4558923
  MeanBigContigSize                  12448          15663          14984          19908
  MinBigContig                      10018          10045          10022          10040
  MaxBigContig                      21576          46268          61425          86811
  BigContigsPercentBases                8            41            31            67
  [SmallContigs]
  TotalSmallContigs                  4368          2024          3084          1599
  SmallContigLength                6072336        3892448        4664169        2223122
  MeanSmallContigSize                1390          1923          1512          1390
  MinSmallContig                        33            33            33            33
  MaxSmallContig                      9964          9996          9977          9995
  SmallContigsPercentBases              92            59            69            33
  [Reads]
  TotalReads                      8627900        8627900        8627900        8627900
  ReadsInContigs                  6218126        6218255        6541160        6541364
  BigContigReads                    549658        2601986        2115038        4460608
  SmallContigReads                5668468        3616269        4426122        2080756
  SingletonReads                  2409774        2409645        2086740        2086536

Revision as of 16:41, 4 December 2007

Data

NCBI

Related strains 

 Pseudomonas aeruginosa PAO1 AE004091 complete
 Pseudomonas aeruginosa PA14 CP000438 complete

CBCB

File location: 

 /fs/szasmg2/Bacteria/Pseudomonas_aeruginosa/

Files: 

 s_1_0001_prb.txt
 s_1_sequence.txt  # contains seq & qual
 s_1_tag.txt         
 s_7_0300_prb.txt
 s_7_sequence.txt  # contains seq & qual
 s_7_tag.txt    
 
 wc -l s_1_sequence.txt s_7_sequence.txt 
  4105993 s_1_sequence.txt
  4521907 s_7_sequence.txt
  8627900 total

 grep -c N s_*seq
  s_1_sequence.seq:37933
  s_7_sequence.seq:69669

Assemblies

CBCB

1. 2007_1203_AMOSCmp-PAO1 2. 2007_1203_AMOSCmp-PAO1-relaxed 3. 2007_1204_AMOSCmp-PA14 4. 2007_1204_AMOSCmp-PA14-relaxed

QC stats: 

 Assembly                              1              2               3              4
 ======================================================================================
 [Info]
 REF                                 PAO1           PAO1           PA14           PA14
 MINCLUSTER                            20             20             20             20
 MINOVL                                10              3             10              3
 MAJORITY                              70             50             70             50

 [Scaffolds]
 TotalScaffolds                         1              1              1              1
 TotalContigsInScaffolds             4412           2197           3226           1828
 MeanContigsPerScaffold              4412           2197           3226           1828
 MinContigsPerScaffold               4412           2197           3226           1828
 MaxContigsPerScaffold               4412           2197           3226           1828
 TotalBasesInScaffolds            6000280        5985597        6137031        6127761
 MeanBasesInScaffolds             6000280        5985597        6137031        6127761
 MaxBasesInScaffolds              6000280        5985597        6137031        6127761
 N50ScaffoldBases                 6000280        5985597        6137031        6127761
 TotalSpanOfScaffolds             6264430        6264430        6537674        6537674
 MeanSpanOfScaffolds              6264430        6264430        6537674        6537674
 MinScaffoldSpan                  6264430        6264430        6537674        6537674
 MaxScaffoldSpan                  6264430        6264430        6537674        6537674
 IntraScaffoldGaps                   4411           2196           3225           1827
 2KbScaffolds                           1              1              1              1
 2KbScaffoldSpan                  6264430        6264430        6537674        6537674
 2KbScaffoldPercent                   100            100            100            100
 MeanSequenceGapSize                   59            126            123            223

 [Contigs]
 TotalContigs                        4412           2197           3226           1828
 TotalBasesInContigs              6620035        6602214        6791916        6782045
 MeanContigSize                      1500           3005           2105           3710
 MinContigSize                         33             33             33             33
 MaxContigSize                      21576          46268          61425          86811
 N50ContigBases                      3548           8478           6480          14280

 [BigContigs_greater_10000]
 TotalBigContigs                       44            173            142            229
 BigContigLength                   547699        2709766        2127747        4558923
 MeanBigContigSize                  12448          15663          14984          19908
 MinBigContig                       10018          10045          10022          10040
 MaxBigContig                       21576          46268          61425          86811
 BigContigsPercentBases                 8             41             31             67

 [SmallContigs]
 TotalSmallContigs                   4368           2024           3084           1599
 SmallContigLength                6072336        3892448        4664169        2223122
 MeanSmallContigSize                 1390           1923           1512           1390
 MinSmallContig                        33             33             33             33
 MaxSmallContig                      9964           9996           9977           9995
 SmallContigsPercentBases              92             59             69             33

 [Reads]
 TotalReads                       8627900        8627900        8627900        8627900
 ReadsInContigs                   6218126        6218255        6541160        6541364
 BigContigReads                    549658        2601986        2115038        4460608
 SmallContigReads                 5668468        3616269        4426122        2080756
 SingletonReads                   2409774        2409645        2086740        2086536
Retrieved from "https://wiki.umiacs.umd.edu/cbcb/index.php?title=Pseudomonas_aeruginosa&oldid=2192"