Bm.qc combine: Difference between revisions

From Cbcb
Jump to navigation Jump to search
No edit summary
No edit summary
Line 1: Line 1:
                                        454        sanger         hybrid
                                    boost2            454         Sanger        hybrid
  [Info]
  assemblyDate                          ?      02/24/10       2/24/10        2/24/10
  inputReads                    Sanger(all)          454    Sanger(filt)    454+Sanger(filt)
  wgsVersion                            ?      6.0-beta      6.0-beta      6.0-beta
  unitigger                          utg?            bog            bog            bog
  ovlOverlapper                      ovl?            mer            mer            mer
  obtMerThreshold                        ?            200            200            400
  ovlMerThreshold                        ?            60            60            120
  aStat         boostLargeCtgEndSurrogates        default        default        default
 
   [Scaffolds]               
   [Scaffolds]               
   TotalScaffolds                      1406          10148          10254
   TotalScaffolds                      8236          1406          10148          10254
   TotalContigsInScaffolds             1513          12659          13607
   TotalContigsInScaffolds           11714          1513          12659          13607
   MeanContigsPerScaffold              1.08          1.25          1.33
   MeanContigsPerScaffold              1.42          1.08          1.25          1.33
   MinContigsPerScaffold                  1              1              1
   MinContigsPerScaffold                  1              1              1              1
   MaxContigsPerScaffold                 5            40            48
   MaxContigsPerScaffold               188              5            40            48
   TotalBasesInScaffolds           1980831      82012118      84309668
   TotalBasesInScaffolds           70676234        1980831      82012118      84309668
   MeanBasesInScaffolds               1409          8082          8222
   MeanBasesInScaffolds             8581.38          1409          8082          8222
   MinBasesInScaffolds                  585            904            283
   MinBasesInScaffolds                  778            585            904            283
   MaxBasesInScaffolds                 7572        2307981        1721555
   MaxBasesInScaffolds             6421643          7572        2307981        1721555
  N25ScaffoldBases                    1753        129247        472523
   N50ScaffoldBases                   93771          1289          46197        117198
   N50ScaffoldBases                   1289          46197        117198
   TotalSpanOfScaffolds           77496734        2226417      87454189      94122201
  N75ScaffoldBases                    1109          14222          18959
   MeanSpanOfScaffolds             9409.51          1584          8618          9179
  ScaffoldAt1000000                  1285            NA            NA
   MinScaffoldSpan                      778            585            904            283
   TotalSpanOfScaffolds             2226417      87454189      94122201
   MaxScaffoldSpan                 6532311          23313        2323624        1788901
   MeanSpanOfScaffolds                 1584          8618          9179
   IntraScaffoldGaps                   3478            107          2511          3353
   MinScaffoldSpan                      585            904            283
  MeanSequenceGapSize              1961.04            NA            NA            NA
   MaxScaffoldSpan                   23313        2323624        1788901
  N25ScaffoldBases                      NA          1753        129247        472523
   IntraScaffoldGaps                   107          2511          3353
  N75ScaffoldBases                      NA          1109          14222          18959
   2KbScaffolds                         131          3701          3193
  ScaffoldAt1000000                    NA          1285            NA            NA
   2KbScaffoldSpan                   663003      78716002      84858641
   2KbScaffolds                         NA            131          3701          3193
   MeanSequenceGapLength               2295          2167          2926
   2KbScaffoldSpan                       NA        663003      78716002      84858641
 
   MeanSequenceGapLength                 NA          2295          2167          2926
   [Top5Scaffolds=contigs,size,span,avgContig,avgGap,EUID]
   
   0          4,7572,7789,1893,72,7180000390137  40,2307981,2323624,57700,401,1328704 48,1721555,1788901,35866,1433,1555904
   [Top5Scaffolds=contigs,size,span,avgContig,avgGap]
   1          5,6479,8696,1296,554,7180000388860  24,1516999,1532321,63208,666,1328701 15,1185197,1203477,79013,1306,1555865
   0          188,6421643,6532311,34157,591    4,7572,7789,1893,72     40,2307981,2323624,57700,401   48,1721555,1788901,35866,1433
   2          2,6083,6694,3042,611,7180000388747  23,1340524,1356064,58284,706,1328703 11,1108784,1129504,100799,2072,1555857
   1          57,3798332,3953718,66637,2774    5,6479,8696,1296,554     24,1516999,1532321,63208,666   15,1185197,1203477,79013,1306
   3          4,5906,8258,1476,784,7180000388779  15,1140592,1149533,76039,639,1328720 14,1079545,1092527,77110,999,1555669
   2          34,3329997,3480804,97941,4569    2,6083,6694,3042,611     23,1340524,1356064,58284,706   11,1108784,1129504,100799,2072
   4          4,5514,8532,1378,1006,7180000389227 25,1070426,1081655,42817,468,1328702 17,1022143,1026496,60126,272,1555876
   3          97,3001588,3057655,30944,584      4,5906,8258,1476,784     15,1140592,1149533,76039,639   14,1079545,1092527,77110,999
   total      19,31554,39969,1661,601             127,7376522,7443197,58083,547       105,6117224,6240905,58259,1237
   4          18,1841703,1968674,102316,7468    4,5514,8532,1378,1006   25,1070426,1081655,42817,468   17,1022143,1026496,60126,272
   total      394,18393263,18993162,46683,1542  19,31554,39969,1661,601 127,7376522,7443197,58083,547 105,6117224,6240905,58259,1237
    
    
   [Contigs]                 
   [Contigs]                 
   TotalContigsInScaffolds             1513          12659          13607
   TotalContigsInScaffolds           11714          1513          12659          13607
   TotalBasesInScaffolds           1980831      82012118      84309668
   TotalBasesInScaffolds           70676234        1980831      82012118      84309668
   TotalVarRecords                     1953          86085        145646
  MeanContigSize                  6033.48            NA            NA            NA
   MeanContigLength                   1309          6479          6196
  MinContigSize                        206            NA            NA            NA
   MinContigLength                     280            274            66
  MaxContigSize                    611010            NA            NA            NA
   MaxContigLength                     4952        565900        522243
  N50ContigBases                    25236          1257          27474          30726
   N25ContigBases                     1527          65357        101916
   TotalVarRecords                       NA          1953          86085        145646
  N50ContigBases                      1257          27474          30726
   MeanContigLength                     NA          1309          6479          6196
   N75ContigBases                     1097          6100          5654
   MinContigLength                       NA            280            274            66
   MaxContigLength                       NA          4952        565900        522243
   N25ContigBases                       NA          1527          65357        101916
   N75ContigBases                       NA          1097          6100          5654
    
    
   [BigContigs_greater_10000]
   [BigContigs_greater_10000]
   TotalBigContigs                       0          1609          1417
   TotalBigContigs                     1208              0          1609          1417
   BigContigLength                       0      57310605      58560900
   BigContigLength                 46649303              0      57310605      58560900
   MeanBigContigLength                    0          35619          41327
   MeanBigContigSize              38616.97            NA            NA            NA
   MinBigContig                           0          10014          10024
   MinBigContig                       10018              0          10014          10024
   MaxBigContig                           0        565900        522243
   MaxBigContig                     611010              0        565900        522243
   BigContigsPercentBases             0.00          69.88          69.46
   BigContigsPercentBases             66.00          0.00          69.88          69.46
  MeanBigContigLength                  NA              0          35619          41327
    
    
   [SmallContigs]           
   [SmallContigs]           
   TotalSmallContigs                   1513          11050          12190
   TotalSmallContigs                 10506          1513          11050          12190
   SmallContigLength               1980831      24701513      25748768
   SmallContigLength               24026931        1980831      24701513      25748768
   MeanSmallContigLength              1309          2235          2112
   MeanSmallContigSize              2286.97            NA            NA            NA
   MinSmallContig                      280            274            66
   MinSmallContig                      206            280            274            66
   MaxSmallContig                      4952          9968          9975
   MaxSmallContig                      9993          4952          9968          9975
   SmallContigsPercentBases         100.00          30.12          30.54
   SmallContigsPercentBases           34.00        100.00          30.12          30.54
  MeanSmallContigLength                NA          1309          2235          2112
    
    
   [DegenContigs]           
   [DegenContigs]           
   TotalDegenContigs                 192840          8497        114780
   TotalDegenContigs                 18868        192840          8497        114780
   DegenContigLength              56098824      10297846      42193843
   DegenContigLength              17526009      56098824      10297846      42193843
   DegenVarRecords                    66751          10425          57124
   MeanDegenContigSize              928.87            NA            NA            NA
  MeanDegenContigLength                291          1212            368
   MinDegenContig                        71            63            65            63
   MinDegenContig                        63            65            63
   MaxDegenContig                     54918          5688          82776          25405
   MaxDegenContig                     5688          82776          25405
   DegenPercentBases                 24.80        2832.09          12.56          50.05
   DegenPercentBases               2832.09          12.56          50.05
  DegenVarRecords                      NA          66751          10425          57124
  MeanDegenContigLength                NA            291          1212            368
    
    
   [Top5Contigs=reads,bases,EUID]
   [Top5Contigs=reads,bases,EUID]
   0         227,4952,7180000388746   7237,565900,1321798      17214,522243,1546057   
   0                           11363,611010      227,4952    7237,565900   17214,522243
   1         113,4737,7180000388714   4447,351060,1320167      18092,508032,1545415   
   1                           10025,523376      113,4737    4447,351060   18092,508032
   2         327,4094,7180000388717   4699,331465,1321830      8957,400176,1545843     
   2                           8614,412675      327,4094    4699,331465   8957,400176
   3         210,3799,7180000388743   3610,306648,1321845      13159,379926,1546078   
   3                           7453,409597      210,3799    3610,306648   13159,379926
   4         105,3688,7180000388727   4775,301942,1321734      12954,379724,1546244      
   4                           6001,383913      105,3688    4775,301942   12954,379724     
   total      982,21270                 24768,1857015             70376,2190101             
   total                     43456,2340571     982,21270 24768,1857015 70376,2190101             
 
  [UniqueUnitigs]         
  TotalUUnitigs                      1534          26192          36145
  MinUUnitigLength                      72            64            64
  MaxUUnitigLength                    4155        307689        132923
  MeanUUnitigLength                  1301          2774          2515
  SDUUnitigLength                      394          6807          5214
    
    
   [Surrogates]             
   [Surrogates]             
   TotalSurrogates                      20          5856          6785
  MinSurrogateSize                    140            NA            NA            NA
   SurrogateInstances                    20          7225          8483
  MaxSurrogateSize                  67942            NA            NA            NA
   SurrogateLength                     8484      17192360        9886209
  MeanSurrogateSize                2063.44            NA            NA            NA
   SurrogateInstanceLength             8388      25015803      15522342
  SDSurrogateSize                  3010.32            NA            NA            NA
   UnPlacedSurrReadLen               81891      239498624      120812859
   TotalSurrogates                      NA            20          5856          6785
   PlacedSurrReadLen                   1170      37248682      33034388
   SurrogateInstances                    NA            20          7225          8483
   MinSurrogateLength                    96            161            65
   SurrogateLength                       NA          8484      17192360        9886209
   MaxSurrogateLength                 1285          90056          58392
   SurrogateInstanceLength               NA          8388      25015803      15522342
   MeanSurrogateLength                 424          2936          1457
   UnPlacedSurrReadLen                   NA          81891      239498624      120812859
   SDSurrogateLength                   262          6189          2509
   PlacedSurrReadLen                     NA          1170      37248682      33034388
   MinSurrogateLength                    NA            96            161            65
   MaxSurrogateLength                   NA          1285          90056          58392
   MeanSurrogateLength                   NA            424          2936          1457
   SDSurrogateLength                     NA            262          6189          2509
    
    
   [Mates]                   
   [Mates]                   
   ReadsWithNoMate         2197998(83.93%) 117707(10.03%)2347967(60.99%)
   ReadsWithNoMate                   1011672197998(83.93%) 117707(10.03%)2347967(60.99%)
   ReadsWithGoodMate           1044(0.04%) 465244(39.65%) 806560(20.95%)
  ReadsWithBadMate                    2388            NA            NA            NA
   ReadsWithBadShortMate         158(0.01%)    1760(0.15%)    2092(0.05%)
   ReadsWithGoodMate                 524910    1044(0.04%) 465244(39.65%) 806560(20.95%)
   ReadsWithBadLongMate           8(0.00%)    1036(0.09%)    2488(0.06%)
  ReadsWithUnusedMate              604540            NA            NA            NA
   ReadsWithSameOrientMate       86(0.00%)    910(0.08%)    5592(0.15%)
  TotalScaffoldLinks                    87              4            116            387
   ReadsWithOuttieMate           72(0.00%)    368(0.03%)    1772(0.05%)
  MeanScaffoldLinkWeight              4.46          2.50          3.50          8.70
   ReadsWithBothChaffMate     27690(1.06%)  53194(4.53%)  48840(1.27%)
   ReadsWithBadShortMate                 NA    158(0.01%)    1760(0.15%)    2092(0.05%)
   ReadsWithChaffMate         100682(3.84%)  36650(3.12%)  104996(2.73%)
   ReadsWithBadLongMate                 NA      8(0.00%)    1036(0.09%)    2488(0.06%)
   ReadsWithBothDegenMate   279388(10.67%) 199770(17.03%)  213034(5.53%)
   ReadsWithSameOrientMate               NA      86(0.00%)    910(0.08%)    5592(0.15%)
   ReadsWithDegenMate         11342(0.43%)  51246(4.37%)  90260(2.34%)
   ReadsWithOuttieMate                   NA      72(0.00%)    368(0.03%)    1772(0.05%)
   ReadsWithBothSurrMate           0(0.00%)    416(0.04%)    110(0.00%)
   ReadsWithBothChaffMate               NA  27690(1.06%)  53194(4.53%)  48840(1.27%)
   ReadsWithSurrogateMate         24(0.00%) 226444(19.30%)  174634(4.54%)
   ReadsWithChaffMate                   NA  100682(3.84%)  36650(3.12%)  104996(2.73%)
   ReadsWithDiffScafMate         348(0.01%)  18596(1.58%)  51496(1.34%)
   ReadsWithBothDegenMate               NA 279388(10.67%) 199770(17.03%)  213034(5.53%)
   ReadsWithUnassignedMate         0(0.00%)      0(0.00%)      0(0.00%)
   ReadsWithDegenMate                   NA  11342(0.43%)  51246(4.37%)  90260(2.34%)
  TotalScaffoldLinks                    4            116            387
   ReadsWithBothSurrMate                 NA      0(0.00%)    416(0.04%)    110(0.00%)
  MeanScaffoldLinkWeight              2.50          3.50          8.70
   ReadsWithSurrogateMate               NA      24(0.00%) 226444(19.30%)  174634(4.54%)
   ReadsWithDiffScafMate                 NA    348(0.01%)  18596(1.58%)  51496(1.34%)
   ReadsWithUnassignedMate               NA      0(0.00%)      0(0.00%)      0(0.00%)
    
    
   [Reads]                   
   [Reads]                   
   TotalReadsInput                  3297077        1178192        4475269
   TotalReadsInput                  1233005        3297077        1178192        4475269
   TotalUsableReads                2618840        1173341        3849841
   ContigReads              784696(63.64%)   47342(1.81%) 678087(57.79%)1657932(43.06%)
  TotalUnusableReads                678237          4851        625428
   BigContigReads           648924(52.62%)      0(0.00%) 559113(47.65%)1407760(36.57%)
   SmallContigReads         135772(11.01%)  47342(1.81%) 118974(10.14%)  250172(6.50%)
   AvgClearRange                        235            791            410
   DegenContigReads         132616(10.75%)1530785(58.45%)  109437(9.33%)1052007(27.33%)
  ContigReads                47342(1.81%) 678087(57.79%)1657932(43.06%)
   SurrogateReads           139594(11.32%)    376(0.01%) 342175(29.16%)  281402(7.31%)
   BigContigReads                 0(0.00%) 559113(47.65%)1407760(36.57%)
   SingletonReads            176099(14.28%)1040349(39.73%)  89055(7.59%) 904884(23.50%)
   SmallContigReads           47342(1.81%) 118974(10.14%)  250172(6.50%)
   TotalUsableReads                      NA        2618840        1173341        3849841
   DegenContigReads         1530785(58.45%)  109437(9.33%)1052007(27.33%)
  AvgClearRange                        NA            235            791            410
   SurrogateReads               376(0.01%) 342175(29.16%)  281402(7.31%)
  PlacedSurrogateReads                  NA      12(0.00%)  45413(3.87%)   46384(1.20%)
   PlacedSurrogateReads          12(0.00%)  45413(3.87%)   46384(1.20%)
   ChaffReads                           NA1039561(39.70%)  89048(7.59%) 904272(23.49%)
   SingletonReads          1040349(39.73%)  89055(7.59%) 904884(23.50%)
   ChaffReads               1039561(39.70%)  89048(7.59%) 904272(23.49%)
    
    
   [Coverage]               
   [Coverage]               
   ContigsOnly                        5.46          6.62          10.91
   ContigsOnly                        9.61          5.46          6.62          10.91
   Contigs_Surrogates                 5.50          9.54          12.35
  ContigsAndDegens                  10.94            NA            NA            NA
   Contigs_Degens_Surrogates          6.20          9.41          10.46
  AllReads                          12.47        310.18          11.32          18.73
   AllReads                          310.18         11.32         18.73
   Contigs_Surrogates                   NA          5.50          9.54          12.35
   Contigs_Degens_Surrogates             NA           6.20          9.41          10.46
    
  [gcContent]             
  Content                            0.30          32.70         30.11         29.99
 
  [UniqueUnitigs]         
  TotalUUnitigs                        NA          1534          26192         36145
  MinUUnitigLength                      NA            72            64            64
  MaxUUnitigLength                      NA          4155        307689        132923
  MeanUUnitigLength                    NA          1301          2774          2515
  SDUUnitigLength                      NA            394          6807          5214
    
    
   [TotalBaseCounts]         
   [TotalBaseCounts]         
   BasesCount                            NA            NA            NA
   BasesCount                            NA            NA            NA            NA
   ClearRangeLengthFRG                  NA            NA            NA
   ClearRangeLengthFRG                  NA            NA            NA            NA
   ClearRangeLengthASM           614416134      927974911    1579010968
   ClearRangeLengthASM                   NA      614416134      927974911    1579010968
   SurrogateBaseLength               83061      276747306      153847247
   SurrogateBaseLength                   NA          83061      276747306      153847247
   ContigBaseLength               10821164      542975021      920163174
   ContigBaseLength                     NA      10821164      542975021      920163174
   DegenBaseLength               349180617      86620911      282002680
   DegenBaseLength                       NA      349180617      86620911      282002680
   SingletonBaseLength           254332462      58880355      256032255
   SingletonBaseLength                   NA      254332462      58880355      256032255
   Contig_SurrBaseLength           10903055      782473645    1040976033
   Contig_SurrBaseLength                 NA      10903055      782473645    1040976033
 
  [gcContent]             
  Content                            32.70          30.11          29.99
    
    
   [Unitig Consensus]       
   [Unitig Consensus]       
   NumColumnsInUnitigs           938983681      476792687    1197917290
   NumColumnsInUnitigs                   NA      938983681      476792687    1197917290
   NumGapsInUnitigs                 2374725        1486629        4486947
   NumGapsInUnitigs                     NA        2374725        1486629        4486947
   NumRunsOfGapsInUnitigReads     37987307      20659878      90359012
   NumRunsOfGapsInUnitigReads           NA      37987307      20659878      90359012
    
    
   [Contig Consensus]       
   [Contig Consensus]       
   NumColumnsInUnitigs             58875009      92725198      127951717
   NumColumnsInUnitigs                   NA      58875009      92725198      127951717
   NumGapsInUnitigs                 795848        417174        1450876
   NumGapsInUnitigs                     NA        795848        417174        1450876
   NumRunsOfGapsInUnitigReads     13186973        4439224      28262805
   NumRunsOfGapsInUnitigReads           NA      13186973        4439224      28262805
   NumColumnsInContigs             58856256      92705330      127898545
   NumColumnsInContigs                   NA      58856256      92705330      127898545
   NumGapsInContigs                 776491        395785        1395140
   NumGapsInContigs                     NA        776491        395785        1395140
   NumRunsOfGapsInContigReads     12345375        4187916      26412719
   NumRunsOfGapsInContigReads           NA      12345375        4187916      26412719
   NumAAMismatches                   75765        148474        294243
   NumAAMismatches                       NA          75765        148474        294243
   NumVARStringsWithFlankingGaps       8689          23928          42375
   NumVARStringsWithFlankingGaps         NA          8689          23928          42375

Revision as of 15:57, 26 February 2010

                                   boost2            454         Sanger         hybrid
 [Info]
 assemblyDate                           ?       02/24/10        2/24/10        2/24/10
 inputReads                    Sanger(all)           454    Sanger(filt)    454+Sanger(filt)
 wgsVersion                             ?       6.0-beta       6.0-beta       6.0-beta
 unitigger                           utg?            bog            bog            bog
 ovlOverlapper                       ovl?            mer            mer            mer
 obtMerThreshold                        ?            200            200            400
 ovlMerThreshold                        ?             60             60            120
 aStat         boostLargeCtgEndSurrogates        default        default        default
 
 [Scaffolds]              
 TotalScaffolds                      8236           1406          10148          10254
 TotalContigsInScaffolds            11714           1513          12659          13607
 MeanContigsPerScaffold              1.42           1.08           1.25           1.33
 MinContigsPerScaffold                  1              1              1              1
 MaxContigsPerScaffold                188              5             40             48
 TotalBasesInScaffolds           70676234        1980831       82012118       84309668
 MeanBasesInScaffolds             8581.38           1409           8082           8222
 MinBasesInScaffolds                  778            585            904            283
 MaxBasesInScaffolds              6421643           7572        2307981        1721555
 N50ScaffoldBases                   93771           1289          46197         117198
 TotalSpanOfScaffolds            77496734        2226417       87454189       94122201
 MeanSpanOfScaffolds              9409.51           1584           8618           9179
 MinScaffoldSpan                      778            585            904            283
 MaxScaffoldSpan                  6532311          23313        2323624        1788901
 IntraScaffoldGaps                   3478            107           2511           3353
 MeanSequenceGapSize              1961.04             NA             NA             NA
 N25ScaffoldBases                      NA           1753         129247         472523
 N75ScaffoldBases                      NA           1109          14222          18959
 ScaffoldAt1000000                     NA           1285             NA             NA
 2KbScaffolds                          NA            131           3701           3193
 2KbScaffoldSpan                       NA         663003       78716002       84858641
 MeanSequenceGapLength                 NA           2295           2167           2926
   
 [Top5Scaffolds=contigs,size,span,avgContig,avgGap]
 0          188,6421643,6532311,34157,591     4,7572,7789,1893,72      40,2307981,2323624,57700,401   48,1721555,1788901,35866,1433
 1          57,3798332,3953718,66637,2774     5,6479,8696,1296,554     24,1516999,1532321,63208,666   15,1185197,1203477,79013,1306
 2          34,3329997,3480804,97941,4569     2,6083,6694,3042,611     23,1340524,1356064,58284,706   11,1108784,1129504,100799,2072
 3          97,3001588,3057655,30944,584      4,5906,8258,1476,784     15,1140592,1149533,76039,639   14,1079545,1092527,77110,999
 4          18,1841703,1968674,102316,7468    4,5514,8532,1378,1006    25,1070426,1081655,42817,468   17,1022143,1026496,60126,272
 total      394,18393263,18993162,46683,1542  19,31554,39969,1661,601  127,7376522,7443197,58083,547  105,6117224,6240905,58259,1237
 
 [Contigs]                
 TotalContigsInScaffolds            11714           1513          12659          13607
 TotalBasesInScaffolds           70676234        1980831       82012118       84309668
 MeanContigSize                   6033.48             NA             NA             NA
 MinContigSize                        206             NA             NA             NA
 MaxContigSize                     611010             NA             NA             NA
 N50ContigBases                     25236           1257          27474          30726
 TotalVarRecords                       NA           1953          86085         145646
 MeanContigLength                      NA           1309           6479           6196
 MinContigLength                       NA            280            274             66
 MaxContigLength                       NA           4952         565900         522243
 N25ContigBases                        NA           1527          65357         101916
 N75ContigBases                        NA           1097           6100           5654
 
 [BigContigs_greater_10000]
 TotalBigContigs                     1208              0           1609           1417
 BigContigLength                 46649303              0       57310605       58560900
 MeanBigContigSize               38616.97             NA             NA             NA
 MinBigContig                       10018              0          10014          10024
 MaxBigContig                      611010              0         565900         522243
 BigContigsPercentBases             66.00           0.00          69.88          69.46
 MeanBigContigLength                   NA              0          35619          41327
 
 [SmallContigs]           
 TotalSmallContigs                  10506           1513          11050          12190
 SmallContigLength               24026931        1980831       24701513       25748768
 MeanSmallContigSize              2286.97             NA             NA             NA
 MinSmallContig                       206            280            274             66
 MaxSmallContig                      9993           4952           9968           9975
 SmallContigsPercentBases           34.00         100.00          30.12          30.54
 MeanSmallContigLength                 NA           1309           2235           2112
 
 [DegenContigs]           
 TotalDegenContigs                  18868         192840           8497         114780
 DegenContigLength               17526009       56098824       10297846       42193843
 MeanDegenContigSize               928.87             NA             NA             NA
 MinDegenContig                        71             63             65             63
 MaxDegenContig                     54918           5688          82776          25405
 DegenPercentBases                  24.80        2832.09          12.56          50.05
 DegenVarRecords                       NA          66751          10425          57124
 MeanDegenContigLength                 NA            291           1212            368
 
 [Top5Contigs=reads,bases,EUID]
 0                           11363,611010       227,4952    7237,565900   17214,522243
 1                           10025,523376       113,4737    4447,351060   18092,508032
 2                            8614,412675       327,4094    4699,331465    8957,400176
 3                            7453,409597       210,3799    3610,306648   13159,379926
 4                            6001,383913       105,3688    4775,301942   12954,379724     
 total                      43456,2340571      982,21270  24768,1857015  70376,2190101            
 
 [Surrogates]             
 MinSurrogateSize                     140             NA             NA             NA
 MaxSurrogateSize                   67942             NA             NA             NA
 MeanSurrogateSize                2063.44             NA             NA             NA
 SDSurrogateSize                  3010.32             NA             NA             NA
 TotalSurrogates                       NA             20           5856           6785
 SurrogateInstances                    NA             20           7225           8483
 SurrogateLength                       NA           8484       17192360        9886209
 SurrogateInstanceLength               NA           8388       25015803       15522342
 UnPlacedSurrReadLen                   NA          81891      239498624      120812859
 PlacedSurrReadLen                     NA           1170       37248682       33034388
 MinSurrogateLength                    NA             96            161             65
 MaxSurrogateLength                    NA           1285          90056          58392
 MeanSurrogateLength                   NA            424           2936           1457
 SDSurrogateLength                     NA            262           6189           2509
 
 [Mates]                  
 ReadsWithNoMate                   1011672197998(83.93%) 117707(10.03%)2347967(60.99%)
 ReadsWithBadMate                    2388             NA             NA             NA
 ReadsWithGoodMate                 524910    1044(0.04%) 465244(39.65%) 806560(20.95%)
 ReadsWithUnusedMate               604540             NA             NA             NA
 TotalScaffoldLinks                    87              4            116            387
 MeanScaffoldLinkWeight              4.46           2.50           3.50           8.70
 ReadsWithBadShortMate                 NA     158(0.01%)    1760(0.15%)    2092(0.05%)
 ReadsWithBadLongMate                  NA       8(0.00%)    1036(0.09%)    2488(0.06%)
 ReadsWithSameOrientMate               NA      86(0.00%)     910(0.08%)    5592(0.15%)
 ReadsWithOuttieMate                   NA      72(0.00%)     368(0.03%)    1772(0.05%)
 ReadsWithBothChaffMate                NA   27690(1.06%)   53194(4.53%)   48840(1.27%)
 ReadsWithChaffMate                    NA  100682(3.84%)   36650(3.12%)  104996(2.73%)
 ReadsWithBothDegenMate                NA 279388(10.67%) 199770(17.03%)  213034(5.53%)
 ReadsWithDegenMate                    NA   11342(0.43%)   51246(4.37%)   90260(2.34%)
 ReadsWithBothSurrMate                 NA       0(0.00%)     416(0.04%)     110(0.00%)
 ReadsWithSurrogateMate                NA      24(0.00%) 226444(19.30%)  174634(4.54%)
 ReadsWithDiffScafMate                 NA     348(0.01%)   18596(1.58%)   51496(1.34%)
 ReadsWithUnassignedMate               NA       0(0.00%)       0(0.00%)       0(0.00%)
 
 [Reads]                  
 TotalReadsInput                  1233005        3297077        1178192        4475269
 ContigReads               784696(63.64%)   47342(1.81%) 678087(57.79%)1657932(43.06%)
 BigContigReads            648924(52.62%)       0(0.00%) 559113(47.65%)1407760(36.57%)
 SmallContigReads          135772(11.01%)   47342(1.81%) 118974(10.14%)  250172(6.50%)
 DegenContigReads          132616(10.75%)1530785(58.45%)  109437(9.33%)1052007(27.33%)
 SurrogateReads            139594(11.32%)     376(0.01%) 342175(29.16%)  281402(7.31%)
 SingletonReads            176099(14.28%)1040349(39.73%)   89055(7.59%) 904884(23.50%)
 TotalUsableReads                      NA        2618840        1173341        3849841
 AvgClearRange                         NA            235            791            410
 PlacedSurrogateReads                  NA      12(0.00%)   45413(3.87%)   46384(1.20%)
 ChaffReads                            NA1039561(39.70%)   89048(7.59%) 904272(23.49%)
 
 [Coverage]               
 ContigsOnly                         9.61           5.46           6.62          10.91
 ContigsAndDegens                   10.94             NA             NA             NA
 AllReads                           12.47         310.18          11.32          18.73
 Contigs_Surrogates                    NA           5.50           9.54          12.35
 Contigs_Degens_Surrogates             NA           6.20           9.41          10.46
 
 [gcContent]              
 Content                             0.30          32.70          30.11          29.99
 
 [UniqueUnitigs]          
 TotalUUnitigs                         NA           1534          26192          36145
 MinUUnitigLength                      NA             72             64             64
 MaxUUnitigLength                      NA           4155         307689         132923
 MeanUUnitigLength                     NA           1301           2774           2515
 SDUUnitigLength                       NA            394           6807           5214
 
 [TotalBaseCounts]        
 BasesCount                            NA             NA             NA             NA
 ClearRangeLengthFRG                   NA             NA             NA             NA
 ClearRangeLengthASM                   NA      614416134      927974911     1579010968
 SurrogateBaseLength                   NA          83061      276747306      153847247
 ContigBaseLength                      NA       10821164      542975021      920163174
 DegenBaseLength                       NA      349180617       86620911      282002680
 SingletonBaseLength                   NA      254332462       58880355      256032255
 Contig_SurrBaseLength                 NA       10903055      782473645     1040976033
 
 [Unitig Consensus]       
 NumColumnsInUnitigs                   NA      938983681      476792687     1197917290
 NumGapsInUnitigs                      NA        2374725        1486629        4486947
 NumRunsOfGapsInUnitigReads            NA       37987307       20659878       90359012
 
 [Contig Consensus]       
 NumColumnsInUnitigs                   NA       58875009       92725198      127951717
 NumGapsInUnitigs                      NA         795848         417174        1450876
 NumRunsOfGapsInUnitigReads            NA       13186973        4439224       28262805
 NumColumnsInContigs                   NA       58856256       92705330      127898545
 NumGapsInContigs                      NA         776491         395785        1395140
 NumRunsOfGapsInContigReads            NA       12345375        4187916       26412719
 NumAAMismatches                       NA          75765         148474         294243
 NumVARStringsWithFlankingGaps         NA           8689          23928          42375
Retrieved from "https://wiki.umiacs.umd.edu/cbcb/index.php?title=Bm.qc_combine&oldid=6802"