Culex pipiens symbiont: Difference between revisions

From Cbcb
Jump to navigation Jump to search
No edit summary
Line 5: Line 5:
* [ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/TraceDB/culex_pipiens_quinquefasciatus/ TA] : 7,379,314 traces (Sept 2007)
* [ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/TraceDB/culex_pipiens_quinquefasciatus/ TA] : 7,379,314 traces (Sept 2007)


   SEQ_LIB_ID                                             SIZE   STDEV  STRATEGY       COUNT
   SEQ_LIB_ID                                           INSERT_SIZE    INSERT_STDEV   CENTER_NAME    TRACE_TYPE_CODE 1       0


   MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_01-G-CULEX-10KB      10000  2000   WGA             1939130
   1099499586718                                        9000    2700    TIGR_JCVIJTC   WGS             15349  0.21
   MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_02-G-CULEX-4KB      4000   800    WGA            333397
   1099522705601                                        3500   1050   TIGR_JCVIJTC   WGS             16116   0.22
  MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_03-F-CULEX-40KB      40000  8000   WGA            103775
   1099641499000                                        33000   9900   TIGR_JCVIJTC   WGS             768    0.01
  MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_04-F-CULEX-40KB      40000  8000   WGA             38260
  MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_05-F-CULEX-40KB      40000   8000    WGA            51281
   MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_06-G-CULEX-10KB      11000  2200    WGA            992283
   MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_07-G-CULEX-10KB      9000   1800   WGA             106326


   1099499586718                                          9000    2700    WGA             15349
   G766BES1                                              120000  .      WIBR            WGS             100434  1.37
  1099522705601                                          3500    1050    WGA            16116
  1099641499000                                          33000  9900    WGA            768


   G766BES1                                               120000  .       WGS            100434
   G771K1                                               5000    500    WIBR            CLONEEND        51540  0.7
  G772K1                                                5000    500    WIBR            CLONEEND        25314  0.34
  G809K1                                                2000    200    WIBR            CLONEEND        29949  0.41
  G810K1                                                2000    200    WIBR            CLONEEND        2295    0.03


   G771K1                                                  5000   500     cDNA           51540
   G818F1                                                40000  4000    WIBR            WGS            437994  5.96
   G772K1                                                  5000   500     cDNA           25314
  G818F2                                                40000  4000    WIBR            WGS            8505    0.12
   G809K1                                                  2000   200     cDNA           29949
  G818P1                                                4000   400     WIBR           WGS            580557  7.89
   G810K1                                                  2000   200     cDNA           2295
   G818P2                                                4000   400     WIBR           WGS            1091326 14.84
   G818P3                                                4000   400     WIBR           WGS            350523  4.77
   G818P4                                                4000   400     WIBR           WGS            1017105 13.83


   G818F1                                                  40000   4000    WGA            437994
   L31420P2                                              5000    .      WIBR            SHOTGUN        2259    0.03
   G818F2                                                  40000   4000    WGA            8505
  L31422P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        3766    0.05
   G818P1                                                  4000    400    WGA             580557
  L31424P2                                              5000    .      WIBR            SHOTGUN        2226    0.03
   G818P2                                                  4000    400     WGA             1091326
  L31425P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        3817    0.05
   G818P3                                                  4000    400     WGA             350523
  L31426P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        2274    0.03
   G818P4                                                  4000   400     WGA             1017105
  L31427P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        2273    0.03
  L31428P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        3045    0.04
  L31429P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        3034    0.04
  L31430P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        2261    0.03
  L31431P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        2918    0.04
  L31432P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        2947    0.04
   L31433P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        2251    0.03
   L31435P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        2987    0.04
   L31439P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        2292    0.03
   L31440P1                                              4000    400    WIBR            SHOTGUN        1478    0.02
  L31440P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        2281    0.03
  L31441P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        2297    0.03
  L31444P2                                              5000    .      WIBR            SHOTGUN        2241    0.03
  L31446P2                                              5000    .      WIBR            SHOTGUN        2278    0.03
  L31448P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        3052    0.04
  L31449P1                                              4000    .      WIBR            SHOTGUN        2234    0.03
 
  MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_01-G-CULEX-10KB    10000  2000    TIGR_JCVIJTC    WGS             1939130 26.36
   MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_02-G-CULEX-4KB    4000    800     TCAG_JCVIJTC    WGS             119990  1.63
   MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_02-G-CULEX-4KB    4000    800     TIGR_JCVIJTC    WGS            213407  2.9
  MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_03-F-CULEX-40KB    40000  8000    TCAG_JCVIJTC    WGS            2405    0.03
  MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_03-F-CULEX-40KB    40000  8000    TIGR_JCVIJTC    WGS            101370  1.38
  MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_04-F-CULEX-40KB    40000  8000    TCAG_JCVIJTC    WGS            16126  0.22
  MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_04-F-CULEX-40KB    40000  8000    TIGR_JCVIJTC    WGS            22134  0.3
  MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_05-F-CULEX-40KB    40000  8000    TIGR_JCVIJTC    WGS             51281  0.7
   MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_06-G-CULEX-10KB    11000  2200    TIGR_JCVIJTC    WGS            992283  13.49
  MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_07-G-CULEX-10KB    9000    1800    TIGR_JCVIJTC   WGS            106326  1.45
 
  .      .      .                                                    WIBR            OTHER          229     0
  .      .      .                                                    WIBR            PCR             228    0
  .      .      .                                                    WIBR            TRANSPOSON      8096    0.11
 
  Total                                                                                                7354992 100


  L31420P2                                                5000    .      CLONE          2259
  L31422P1                                                4000    .      CLONE          3766
  L31424P2                                                5000    .      CLONE          2226
  L31425P1                                                4000    .      CLONE          3817
  L31426P1                                                4000    .      CLONE          2274
  L31427P1                                                4000    .      CLONE          2273
  L31428P1                                                4000    .      CLONE          3045
  L31429P1                                                4000    .      CLONE          3034
  L31430P1                                                4000    .      CLONE          2261
  L31431P1                                                4000    .      CLONE          2918
  L31432P1                                                4000    .      CLONE          2947
  L31433P1                                                4000    .      CLONE          2251
  L31435P1                                                4000    .      CLONE          2987
  L31439P1                                                4000    .      CLONE          2292
  L31440P1                                                4000    400    CLONE          1478
  L31440P1                                                4000    .      CLONE          2281
  L31441P1                                                4000    .      CLONE          2297
  L31444P2                                                5000    .      CLONE          2241
  L31446P2                                                5000    .      CLONE          2278
  L31448P1                                                4000    .      CLONE          3052
  L31449P1                                                4000    .      CLONE          2234
  Total                                                                                7354992


Sanger: Wolbachia pipientis endosymbiont of Culex quinquefasciatus
Sanger: Wolbachia pipientis endosymbiont of Culex quinquefasciatus

Revision as of 17:12, 8 September 2008

Data Sources

NCBI: 

 SEQ_LIB_ID                                            INSERT_SIZE     INSERT_STDEV    CENTER_NAME     TRACE_TYPE_CODE 1       0

 1099499586718                                         9000    2700    TIGR_JCVIJTC    WGS             15349   0.21
 1099522705601                                         3500    1050    TIGR_JCVIJTC    WGS             16116   0.22
 1099641499000                                         33000   9900    TIGR_JCVIJTC    WGS             768     0.01

 G766BES1                                              120000  .       WIBR            WGS             100434  1.37

 G771K1                                                5000    500     WIBR            CLONEEND        51540   0.7
 G772K1                                                5000    500     WIBR            CLONEEND        25314   0.34
 G809K1                                                2000    200     WIBR            CLONEEND        29949   0.41
 G810K1                                                2000    200     WIBR            CLONEEND        2295    0.03

 G818F1                                                40000   4000    WIBR            WGS             437994  5.96
 G818F2                                                40000   4000    WIBR            WGS             8505    0.12
 G818P1                                                4000    400     WIBR            WGS             580557  7.89
 G818P2                                                4000    400     WIBR            WGS             1091326 14.84
 G818P3                                                4000    400     WIBR            WGS             350523  4.77
 G818P4                                                4000    400     WIBR            WGS             1017105 13.83

 L31420P2                                              5000    .       WIBR            SHOTGUN         2259    0.03
 L31422P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         3766    0.05
 L31424P2                                              5000    .       WIBR            SHOTGUN         2226    0.03
 L31425P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         3817    0.05
 L31426P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         2274    0.03
 L31427P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         2273    0.03
 L31428P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         3045    0.04
 L31429P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         3034    0.04
 L31430P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         2261    0.03
 L31431P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         2918    0.04
 L31432P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         2947    0.04
 L31433P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         2251    0.03
 L31435P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         2987    0.04
 L31439P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         2292    0.03
 L31440P1                                              4000    400     WIBR            SHOTGUN         1478    0.02
 L31440P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         2281    0.03
 L31441P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         2297    0.03
 L31444P2                                              5000    .       WIBR            SHOTGUN         2241    0.03
 L31446P2                                              5000    .       WIBR            SHOTGUN         2278    0.03
 L31448P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         3052    0.04
 L31449P1                                              4000    .       WIBR            SHOTGUN         2234    0.03

 MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_01-G-CULEX-10KB    10000   2000    TIGR_JCVIJTC    WGS             1939130 26.36
 MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_02-G-CULEX-4KB     4000    800     TCAG_JCVIJTC    WGS             119990  1.63
 MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_02-G-CULEX-4KB     4000    800     TIGR_JCVIJTC    WGS             213407  2.9
 MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_03-F-CULEX-40KB    40000   8000    TCAG_JCVIJTC    WGS             2405    0.03
 MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_03-F-CULEX-40KB    40000   8000    TIGR_JCVIJTC    WGS             101370  1.38
 MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_04-F-CULEX-40KB    40000   8000    TCAG_JCVIJTC    WGS             16126   0.22
 MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_04-F-CULEX-40KB    40000   8000    TIGR_JCVIJTC    WGS             22134   0.3
 MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_05-F-CULEX-40KB    40000   8000    TIGR_JCVIJTC    WGS             51281   0.7
 MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_06-G-CULEX-10KB    11000   2200    TIGR_JCVIJTC    WGS             992283  13.49
 MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_07-G-CULEX-10KB    9000    1800    TIGR_JCVIJTC    WGS             106326  1.45

 .       .       .                                                     WIBR            OTHER           229     0
 .       .       .                                                     WIBR            PCR             228     0
 .       .       .                                                     WIBR            TRANSPOSON      8096    0.11

 Total                                                                                                 7354992 100


Sanger: Wolbachia pipientis endosymbiont of Culex quinquefasciatus 

Old reference:
file name: /fs/szasmg2/Culex_pipiens_symbiont/Sanger/Wb_Cq_061226.dbs

 Top 10 seqs
 Name                           Length     %GC
 culex173d08.p1k               1457497    34.17
 culexbac1d10Bg07.p1k            24726    35.11
 culex3d09.p1k                   15587    21.81
 culex166f03.q1k                 13962    36.17
 culex_1177_1189-1a02.w2k1177    13564    37.10
 culex26b07.p1k                   9245    35.53
 culex174d04.p1k                  8832    33.64
 J28015Ag08.q1ka                  7809    36.04
 culex180e07.p1k                  6960    36.59
 culex53a02.p1k                   5343    33.58
 ...

 New reference (12 sequences):
 file name: /fs/szasmg2/Culex_pipiens_symbiont/Sanger/Wb_Cq.dbs

 All seqs:
 Name                    Length  %GC
 1  culexbac1b5Ab03.q1k     1136301 34.17           
 2  culex161b01.q1k         346054  34.25            
 3  culex166f03.q1k         13962   36.17          share almost all sequence with culex161b01.q1k & 1996bp with culexbac1b5Ab03.q1k
    subtotal(3)             1496317
 
 4  culex49c07.p1k          9245    35.53          looks circular(misoriented mates at the ends); region 4979-6364 aligns to culexbac1b5Ab03.q1k 3 times
 5  culex53a02.p1k          5343    33.58          ~ 1Kbp alignments to culexbac1b5Ab03.q1k & culex161b01.q1k
 6  culex117e02.p2kA55      3501    33.10          contained (in 2 pieces) in culexbac1b5Ab03.q1k
 7  culex141a08.q1k         1920    33.44          few hundred bp alignments to other culex* seqs
    subtotal(7)             1516326
 
 8  culex180e07.p1k         6960    36.62          "CONTAINED" culexbac1b5Ab03.q1k (surrogate in WGA) 
 9  culex5c05.p1k           15587   21.81          low GC%; no alignments to NC_002978 & NC_006833; best hit is  Anopheles gambiae complete mitochondrial genome : 15363 bp (96% coverage, 86% max id)
 10 culex14h11.p1k          3350    51.73          repeat (higher GC%): good cvg of culex 18SrRNA gene ; no alignments to NC_002978 & NC_006833
 11 culex22h10.q1k          2148    54.89          repeat (higher GC%): some alignment to culex 118S rRNA ; no alignments to NC_002978 & NC_006833
 12 culex166d08.p1k         2071    55.53          repeat (higher GC%): culex 18S rRNA & 28S rRNA ; no alignments to NC_002978 & NC_006833
    total(12)               1546442

JCVI:

Articles

Other Strains (complete)

                                                                    RefSeq 	GenBank 	Pub 	Length (Mbp) 	GC 	Prot 	RNAs
 Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster(TIGR)            NC_002978 	AE017196 	1 	1.26778 	35.2% 	1195 	39
 Wolbachia endosymbiont strain TRS of Brugia malayi srain wMel(NEB) NC_006833 	AE017321 	1 	1.08008 	34.2% 	805 	37
 Wolbachia pipientis wPip(Sanger)                                   NC_010981 	AM999887 	1 	1.48246 	34.2% 	1275 	37

!!! Wolbachia pipientis wPip(Sanger) = culex161b01.q1k(346,054) + N(102) + culexbac1b5Ab03.q1k(1,136,301)

Read Counts

 query_tracedb "query count SPECIES_CODE='CULEX PIPIENS QUINQUEFASCIATUS'"                                #  7552113  : all traces 
 query_tracedb "query count SPECIES_CODE='CULEX PIPIENS QUINQUEFASCIATUS' AND load_date >='09/01/2007'"   #  172799   : new traces (all cDNA)

Assembly

Locations: 

 /fs/szasmg2/Culex_pipiens_symbiont/

2006_1226_WGA : initial assembly

Steps: 

 1. All cpqg reads have been downloaded from the TA (July 2006). The
 reads have been grouped by libraries and the clear range has been
 computed. There were 6.6M reads in the download compared with 7.3M now.
 Unfortunately I've only noticed this difference at the end of my experiment.

 2. The Wolbachia endosymbiont of Culex quinquefasciatus assembly has
 been downloaded from the Sanger ftp site
 ( ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/pathogens/Wolbachia/Wb_Cq.dbs ) ; there are
 95 sequences in this file. Most of them are very short. Below are listed
 the name,length & gc% of the longest 10: 
    name                        length(bp)   gc%
    culex173d08.p1k               1457497    34.17
    culexbac1d10Bg07.p1k            24726    35.11
    culex3d09.p1k                   15587    21.81
    culex166f03.q1k                 13962    36.17
    culex_1177_1189-1a02.w2k1177    13564    37.10
    culex26b07.p1k                   9245    35.53
    culex174d04.p1k                  8832    33.64
    J28015Ag08.q1ka                  7809    36.04
    culex180e07.p1k                  6960    36.59
    culex53a02.p1k                   5343    33.58

 3. The cpqg random reads (clr only) have been aligned to symbiont
 sequences using nucmer (default parameters)

 4.  The nucmer output has been analyzed. It's been noticed that many of
 the short symbiont sequences (2-3KB in length) have a higher than
 expected number of alignments. To avoid the repeats I've selected only
 the reads that aligned to the longest 10 symbiont sequences (see above).

 5. A 95% identity and minimum of 400 bp alignment thold has been used to
 determine the symbiont reads. There were 29,110 unique reads (30,690
 reads+mates) selected. Below is a per library breakdown (reads+mates):
    MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_01-G-CULEX-10KB      9581
    MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_06-G-CULEX-10KB      4549
    G818P4                                                  3784
    G818P2                                                  3478
    G818P1                                                  2238
    G818F1                                                  1283
    MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_02-G-CULEX-4KB       1156
    MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_03-F-CULEX-40KB      738
    G818P3                                                  723
    MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_07-G-CULEX-10KB      556
    MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_05-F-CULEX-40KB      327
    MSC-CULEX-PIPIENS-QUINQUEFASCIATUS_04-F-CULEX-40KB      185
    1099522705601                                           99
    G809K1                                                  89 : cDNA , should be removed
    1099499586718                                           77
    G772K1                                                  12 : cDNA , should be removed
    G771K1                                                  10 : cDNA , should be removed
    G766BES1                                                4 :  BE library
    1099641499000                                           2

 6. The reads have been assembled using the runCA-OBT.pl script (default
 parameters).  
 Most of the reads got assembled into 3 large scaffolds. There is mate
 pair evidence (outie mates) that the largest scaffold is circular. 

 All the scaffolds ens up in surrogates (20-50KB total surrogate length)
 Are there not enough BE to span the unique regions?  

 Cpqg.qc

 scaff_8 Longest scaff
 scaff_9 2nd longest scaff
 scaff_7 3rd longest scaff
 scaff_6 Small scaff that Looks circular

 7. The scaffolds/contigs have been aligned to longest 10 Wolbachia
 endosymbiont sequences. Most of the long alignments were at over 99%
 identity. However, several large rearrangements have been noticed.

 Wb_Cq-vs-scaff Reference vs scaff


2007_0802_WGA-default : new assembly

Steps: 

 1. All Culex reads have been downloaded from TA . ~1M new reads sincd 2006_1226

 2. The reads have been aligned to the new reference (exclude mito,repeats) using nucmer (default parameters)

 3. A 95% identity and minimum of 400 bp alignment thold has been used to
 determine the symbiont reads.  3850 new reads & mates in addition to the previous
 ones were identified

 4. 33,783 reads have been assembled using the runCA-OBT.pl script (default
 parameters).  
 Cpqg.qc

 Compared to the initial assembly, many metrics went down (TotalBasesInScaffolds,MaxBasesInScaffolds,MaxContigLength ...)
 TotalSurrogates & SurrogateInstances more than doubled


2007_0802_WGA-0.5E  : error rate =0.5 % => more fragmented assembly

2007_0802_WGA-0.5M  : genome size=1.5M => more TotalBasesInScaffolds but more unhappy mates

What to do next?

  • use CA 5.1 (latest version)
  • remove 958 cDNA's aligned to culex*
  • increase utg error rate to from 1.5% to 2% (3% gave worse results than 2%)
  • recruite reads that align to contig ends: some ends are repetitive => too many; others no alignments
  • use 2 other complete strains; only 2 new aligned reads were identified
  • AMOScmp new reference => more unhappy mates then before
  • dropping the min Astat from 1 to -1 made some degens into places ctgs; did not improve overall stats
Retrieved from "https://wiki.umiacs.umd.edu/cbcb/index.php?title=Culex_pipiens_symbiont&oldid=3310"