Turkey: Difference between revisions

From Cbcb
Jump to navigation Jump to search
Line 53: Line 53:
   0alignments          4962        73    1159  1411  1935  119729    2446      2654      12,138,524
   0alignments          4962        73    1159  1411  1935  119729    2446      2654      12,138,524
   
   
   1+alignments/scf    22045     1      1      1      2      1660      6          136        153866
   1+alignments/scf    22045       1      1      1      2      1660      6          136        153866
  2+alignments/2+chr  50        11625  55577  1398890 3387095 7409211  1883381    4298282    94169060


* Alignment stats (filter-1)
* Alignment stats (filter-1)
Line 59: Line 61:
   len                  163390      12    1191  2673  6437  134409    5188      10410      847,715,057
   len                  163390      12    1191  2673  6437  134409    5188      10410      847,715,057
   %id                  163390      11.24  81.10  84.82  87.68  100.00    83        85        .
   %id                  163390      11.24  81.10  84.82  87.68  100.00    83        85        .
* Ambiguous alignments:
  .                    elem      min    q1    q2    q3    max        mean      n50        sum
  multiple_locations  308        1058  3381  10254  46074  7409211    468379    3716226    144,260,908
  multiple_chr        153        1213  4409  11625  61008  7409211    624239    4298282    95,508,695
  Examples:
  scf7180002103561 3 5415215 113657789  1      1062596  10577164 11629376  229235 215157 84 1 -10.57
  scf7180002103561 3 5415215 113657789  1063535 4213976  5596784  2394202    865958 916543 369 -1 6.66
  scf7180002103561 3 5415215 113657789  4214015 5415182  3859    1218869    287310 294360 139 1 4.21
  scf7180002103752 9  5061302 25554352  9555    1958541  20381314 18065068  612989 788008 264 -1 20.39
  scf7180002103752 18 5061302 10925261  1958581 4162033  7329248  5062809    440775 489825 214 -1 9.28
  scf7180002103752 18 5061302 10925261  4163072 5060851  9929884  10866224  327663 376667 102 1 -5.76


= BACs =
= BACs =

Revision as of 17:36, 7 October 2009

Data

Chicken (Gallus gallus)

Stats: 

.                                        elem       min    q1       q2      q3       max        mean       n50        sum            
Chr1..28,32,MT,W,Z,E22C19W28_E50C23,E64  34         1028   4512026 12968165 30671729 200994015  30377803   94230402   1032845329

Turkey (Meleagris gallopavo)

Assembly2.0

Stats: 

 .                    elem        min    q1     q2     q3     max        mean       n50        sum
 scf                  27,007      66     1354   1988   4793   9558742    37856      1538143    1022394764
 ctg                  145,663     64     1512   3433   8500   91891      6391       12594      930953352
 deg                  440,796     64     102    256    485    8055       312        483        137835235

Scf stats: 

 .                    elem       min    q1     q2     q3     max        mean       n50        sum
 <5K                  20534      66     1257   1624   2346   5000       1976       2112       40582116
 >5K                  6475       5000   6876   13337  36546  9558742    151632     1605411    981822648

Reads: 

 TotalUsableReads=151843863
 AvgClearRange=102
 ContigReads=139021843(91.56%)
 DegenContigReads=8392124(5.53%)
 SurrogateReads=1317962(0.87%)
 SingletonReads=3314375(2.18%)
 Cvg=15X

Files: 

 /fs/szattic-asmg4/turkey/Assembly2.0/

Alignment to chicken

  • Parameters:
 nucmer -l 12 -c 65 -g 1000 -b 1000
 delta-filter -1
  • Scf stats
                      elem        min    q1     q2     q3     max        mean       n50        sum      
 1+alignments         22045       66     1450   2276   5670   9558742    45827      1562815    1,010,256,240  
 0alignments          4962        73     1159   1411   1935   119729     2446       2654       12,138,524

 1+alignments/scf     22045       1      1      1      2      1660       6          136        153866

 2+alignments/2+chr   50         11625  55577  1398890 3387095 7409211   1883381    4298282    94169060
  • Alignment stats (filter-1)
 .                    elem        min    q1     q2     q3     max        mean       n50        sum
 len                  163390      12     1191   2673   6437   134409     5188       10410      847,715,057
 %id                  163390      11.24  81.10  84.82  87.68  100.00     83         85         .

BACs

  • Markers:
 37918 : total CH260's
 8558  : assembled in scaffolds

 8641  : total 78TKNMI
  • Scf stats:
                    elem       min    q1     q2     q3     max        mean       n50        sum
 1+markers          1228       1001   24541  247381 879303 9558742    696129     1984837    854,846,919
 0markers           25779      66     1338   1911   4245   1214147    6499       26354      167,547,845

 1+markers/scf      1228       1      1      2      7      110        6          19         8,262
Retrieved from "https://wiki.umiacs.umd.edu/cbcb/index.php?title=Turkey&oldid=5826"