Bioterrorism: Difference between revisions

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* [http://www.ericbrc.org/portal/eric/ Enteropathogen Resource Integration Center]
* [http://www.ericbrc.org/portal/eric/ Enteropathogen Resource Integration Center]
* [http://www.niaid.nih.gov/dmid/genomes/brc/ NIAID BRC]
* [http://www.niaid.nih.gov/dmid/genomes/brc/ NIAID BRC]
  Category        Type            Organism                        Disease                        #NCBI Genome Projects assembly(complete)         
  ====================================================================================================================
  A              Bacteria        [[Bacillus_anthracis|Bacillus anthracis]]              Anthrax                        [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Bacillus%20anthracis  11(3)]
  A              Bacteria        [[Clostridium_botulinum|Clostridium botulinum]]          Botulism                      [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Clostridium%20botulinum 11(8)]
  A              Bacteria        [[Francisella_tularensis|Francisella tularensis]]          Tularemia                      [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Francisella%20tularensis  11(7)]
  A              Bacteria        [[Yersinia_pestis|Yersinia pestis]]                Plague                        [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Yersinia%20pestis 16(7)]
  A              Virus          Arenaviruses(Lassa,Machupo...)  Viral hemoragic fever          0
  A              Virus          Bunyaviruses                    Viral hemoragic fever          0
  A              Virus          Flaviruses                      Viral hemoragic fever          0
  A              Virus          Filoviruses(Ebola,Marburg...)  Viral hemoragic fever          0
  A              Virus          Variola major                  Smallpox                      0
 
  B              Bacteria        Brucella                        Brucellosis                    [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Brucella 8(8)]
  B              Bacteria        [[Burkholderia_mallei|Burkholderia mallei]]            Glanders                      [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Burkholderia%20mallei 10(4)]
  B              Bacteria        [[Burkholderia_pseudomallei|Burkholderia pseudomallei]]      Melioidosis                    [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Burkholderia%pseudomallei 21(4)]
  B              Bacteria        Campylobacter jejuni            ?                              [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Campylobacter%20jejuni 11(5)] NIAID only
  B              Bacteria        Chlamydia psittaci              Psittacosis                    [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=genomeprj&cmd=ShowDetailView&TermToSearch=12519 1(0)]
  B              Bacteria        [[Clostridium_perfringens|Clostridium perfringens]]        Food poisoning(Epsilon toxin)  [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Clostridium%perfringens 8(2)]
  B              Bacteria        Coxiella burnetii              Q fever                        [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Coxiella%burnetii 7(3)]
  B              Bacteria        Escherichia coli O157:H7        Food poisoning                [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=genomeprj&cmd=ShowDetailView&TermToSearch=259 16(2)]
  B              Bacteria        Listeria monocytogenes          ?                              [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Listeria%20monocytogenes 20(2)] NIAID only
  B              Bacteria        Rickettsia prowazekii          Typhus fever                  [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Rickettsia%prowazekii 1(1)]
  B              Bacteria        [[Salmonella|Salmonella]]                      Salmonellosis,Typhoid fever    [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Salmonella 30(10)]
  B              Bacteria        Shigella                        Shigellosis,Dysenteria        [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Shigella 10(7)]
  B              Bacteria        Staphylococcus aureus          Food poisoning(Enterotoxin B)  [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Staphylococcus%20aureus 17(14)]
  B              Bacteria        Vibrio cholerae                Cholera                        [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Vibrio%cholerae 15(2)] 
  B              Bacteria        [[Yersinia_enterocolitica|Yersinia enterocolitica]]        ?                              [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Yersinia%20enterocolitica%20subsp.%20enterocolitica%208081 1(1)] NIAID only
  B              Plant          Ricinus communis                poisoning(Ricinus toxin)      [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=genomeprj&cmd=ShowDetailView&TermToSearch=16585 1(0)]
  B              Protozoa        Cryptosporidium parvum          Cryptosporidiosis              [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=genomeprj&cmd=ShowDetailView&TermToSearch=144 1(1)]
  B              Virus          Alphaviruses                    Viral encephalitis            0
 
  C              Virus          Hantavirus                      Hemorrhagic fever              0 
  C              Virus          Nipah                          Viral encephalitis            0
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Notes:
* Several new Clostridium botulinum strains ; E3 Alaska complete & not in Insignia
* Francisella philomiragia subsp. philomiragia ATCC 25017 project at DOE Joint Genome Institute ; complete; in Insignia
* Francisella tularensis B-SA project at Baylor College of Medicine; progress
* 2 Bacillus athracis strains in progress at BCM; data available only by request


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[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=genomeprj&Cmd=DetailsSearch&Term=%28%22Yersinia+enterocolitica%22%5BOrganism%5D+AND+pt%5Fdefault%5Bprop%5D%29+AND+seqstat%5Finprogress%5BPROP%5D%29 inprogress]
[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=genomeprj&Cmd=DetailsSearch&Term=%28%22Yersinia+enterocolitica%22%5BOrganism%5D+AND+pt%5Fdefault%5Bprop%5D%29+AND+seqstat%5Finprogress%5BPROP%5D%29 inprogress]
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Revision as of 17:56, 8 December 2008

Category A

Bacillus anthracis all 21 complete 3 assembly 14 inprogress 4

Clostridium botulinum all 16 complete 8 assembly 3 inprogress 5

Francisella tularensis all 21 complete 7 assembly 5 inprogress 8

Yersinia pestis all 21 complete 7 assembly 9 inprogress 5

Category B

Brucella all 10 complete 8 assembly 0 inprogress 0

Burkholderia mallei all 11complete 4 assembly 6 inprogress 0

Burkholderia pseudomallei all 22 complete 4 assembly 16 inprogress 2

Campylobacter jejuni all 13 complete 5 assembly 8 inprogress 0

Chlamydia psittaci all 2 complete 0 assembly 0 inprogress 2

Clostridium perfringens all 9 complete 3 assembly 6 inprogress 0

Coxiella burnetii all 7 complete 5 assembly 2 inprogress 0

Escherichia coli O157:H7 all 18 complete 2 assembly 13 inprogress 3

Listeria monocytogenes all 25 complete 2 assembly 20 inprogress 3

Rickettsia prowazekii all 2 complete 0 assembly 0 inprogress 0

Salmonella all 65 complete 15 assembly 23 inprogress 27

Shigella all 10 complete 7 assembly 0 inprogress 2

Staphyloccocus aureus all 0 complete 0 assembly 0 inprogress 0

Vibrio cholerae all 15 complete 2 assembly 13 inprogress 0

Yersinia enterocolitica all 0 complete 0 assembly 0 inprogress 0

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