Data formats: Difference between revisions

From Cbcb
Jump to navigation Jump to search
No edit summary
 
(One intermediate revision by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
= AGP =
= Anc ??? =
* Example:
  #ref  qry            ref_len    qry_len  ref_start  ref_end    qry_start  qry_end  ref_snp  qry_snp  merge_count  qry_dir  ref_intercept
  1      7180002077591  200994015  85878    19836      20318      78868      79351    58      58      1            1        -0.05
  1      7180002077591  200994015  85878    27827      83785      67617      1127    23332    34016    14          -1      0.09
  1      7180002077394  200994015  6640    84737      93563      6628      30      4229    2614    5            -1      0.09
= GFF =
* [http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml GFF3]
* [http://gmod.org/wiki/GFF3 GFF3]
* [http://genomebiology.com/2010/11/8/R88 GVF] Genome variation format
= Posmap =
= Posmap =


* Zero base
* 0-bases
* Example:
* Example:
   #qry            ref            ref_start  ref_end    qry_dir
   #qry            ref            ref_start  ref_end    qry_dir
Line 17: Line 32:
   71525049 71526705 1640 2 192 192 0
   71525049 71526705 1640 2 192 192 0
   ...
   ...
= AGP =
= Anc =
* Example:
  #ref  qry            ref_len    qry_len  ref_start  ref_end    qry_start  qry_end  ref_snp  qry_snp  merge_count  qry_dir  ref_intercept
  1      7180002077591  200994015  85878    19836      20318      78868      79351    58      58      1            1        -0.05
  1      7180002077591  200994015  85878    27827      83785      67617      1127    23332    34016    14          -1      0.09
  1      7180002077394  200994015  6640    84737      93563      6628      30      4229    2614    5            -1      0.09

Latest revision as of 15:06, 21 December 2010

AGP

Anc ???

  • Example:
 #ref   qry            ref_len    qry_len  ref_start  ref_end    qry_start  qry_end  ref_snp  qry_snp  merge_count  qry_dir  ref_intercept
 1      7180002077591  200994015  85878    19836      20318      78868      79351    58       58       1            1        -0.05
 1      7180002077591  200994015  85878    27827      83785      67617      1127     23332    34016    14           -1       0.09
 1      7180002077394  200994015  6640     84737      93563      6628       30       4229     2614     5            -1       0.09

GFF

Posmap

  • 0-bases
  • Example:
 #qry            ref             ref_start  ref_end    qry_dir
 7180001689070   7180002030581   0          1756       f
 7180002006045   7180002030582   0          1771       f
 7180001780952   7180002030582   2324       3879       r

Delta

  • Example:
 #>ref qry ref_len qry_len
 #ref_start ref_end  qry_start qry_end ref_snps  qry_snps

 >Z 7180002076836 74602320 1640
 71525049 71526705 1640 2 192 192 0
 ...