Francisella tularensis holarctica MI001730: Difference between revisions

From Cbcb
Jump to navigation Jump to search
No edit summary
 
 
(2 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
  Center: Baylor
Center: Baylor
   Status: Assembly (118 contigs; 1,765,520 bp; maxLen=87,330 bp; avgLen=14,962 bp)
   Status: Assembly (118 contigs; 1,765,520 bp; maxLen=87,330 bp; avgLen=14,962 bp)


Line 10: Line 10:
   BCM    4WG_FTUL.MI MI001730 4WG_FTUL.MI_000sA 454  .    .    584,009 SRA
   BCM    4WG_FTUL.MI MI001730 4WG_FTUL.MI_000sA 454  .    .    584,009 SRA
   Total                                                          746,772
   Total                                                          746,772
== Assembly ==
'''2007_0722_454 -> best'''
  4WG_FTUL.MI_000pA & 4WG_FTUL.MI_000sA libraries
  => 15 scaff, 97 LargeContigs, 1,759,402 bp
  /*
  **  Consensus results.
  */
  consensusResults
  {
        readStatus
        {
                numberAssembled = 555318;
                numberPartial  = 4546;
                numberSingleton = 3066;
                numberRepeat    = 19988;
                numberOutlier  = 1091;
        }
                                                                                               
        pairedReadStatus
        {
                numberWithBothMapped  = 82876;
                numberWithOneUnmapped  = 20539;
                numberMultiplyMapped  = 10111;
                numberWithBothUnmapped = 30794;
        }
                                                                                               
        scaffoldMetrics
        {
                numberOfScaffolds  = 15;
                numberOfBases      = 1759402;
                                                                                                                avgScaffoldSize    = 117293;
                N50ScaffoldSize    = 260966;
                largestScaffoldSize = 364856;
        }
                                                                                               
        largeContigMetrics
        {
                numberOfContigs  = 97;
                numberOfBases    = 1751702;
                                                                                               
                avgContigSize    = 18058;
                N50ContigSize    = 25363;
                largestContigSize = 87351;
                                                                                               
                Q40PlusBases      = 1751175, 99.97%;
                Q39MinusBases    = 527, 0.03%;
        }
                                                                                               
        allContigMetrics
        {
                numberOfContigs = 177;
                numberOfBases  = 1771992;
        }
  }

Latest revision as of 15:31, 23 August 2007

Center: Baylor

 Status: Assembly (118 contigs; 1,765,520 bp; maxLen=87,330 bp; avgLen=14,962 bp)

Data

Libraries:

 CENTER  PROJECT     STRAIN   LIB               TYPE SIZE STDEV COUNT   LOCATION
 BCM     4WG_FTUL.MI MI001730 4WG_FTUL.MI_000pA 454  .    .     162,763 SRA 
 BCM     4WG_FTUL.MI MI001730 4WG_FTUL.MI_000sA 454  .    .     584,009 SRA
 Total                                                          746,772

Assembly

2007_0722_454 -> best

 4WG_FTUL.MI_000pA & 4WG_FTUL.MI_000sA libraries
 => 15 scaff, 97 LargeContigs, 1,759,402 bp
 /* 
 **  Consensus results.
 */
 consensusResults
 {
       readStatus
       {
               numberAssembled = 555318;
               numberPartial   = 4546;
               numberSingleton = 3066;
               numberRepeat    = 19988;
               numberOutlier   = 1091;
       }
                                                                                                
       pairedReadStatus
       {
               numberWithBothMapped   = 82876;
               numberWithOneUnmapped  = 20539;
               numberMultiplyMapped   = 10111;
               numberWithBothUnmapped = 30794;
       }
                                                                                                
       scaffoldMetrics
       {
               numberOfScaffolds   = 15;
               numberOfBases       = 1759402;
                                                                                                               avgScaffoldSize     = 117293;
               N50ScaffoldSize     = 260966;
               largestScaffoldSize = 364856;
       }
                                                                                                
       largeContigMetrics
       {
               numberOfContigs   = 97;
               numberOfBases     = 1751702;
                                                                                                
               avgContigSize     = 18058;
               N50ContigSize     = 25363;
               largestContigSize = 87351;
                                                                                                
               Q40PlusBases      = 1751175, 99.97%;
               Q39MinusBases     = 527, 0.03%;
       }
                                                                                                
       allContigMetrics
       {
               numberOfContigs = 177;
               numberOfBases   = 1771992;
       }
 }