Difference between revisions of "Helicobacter pylori"

From Cbcb
Jump to navigation Jump to search
 
Line 8: Line 8:
 
SRA
 
SRA
 
* http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=sra&term=SRP001104 (24 data sets)
 
* http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=sra&term=SRP001104 (24 data sets)
 +
 +
= Assemblies =
 +
 +
    0  .                                                    elem  min  q1  q2    q3    max    mean  n50    sum     
 +
    1  HPKX_1039_AG0C1.scarf.assembled-29-21                233  100  318  1700  9639  77743  7085  19912  1650899 
 +
    2  HPKX_1039_AG0C2.solexa.txt.assembled-23-12          420  101  341  1684  5301  36588  3914  9412  1644043 
 +
    3  HPKX_1039_AG4C1.scarf.assembled-27-22                271  100  217  1421  8273  90368  6115  17093  1657230 
 +
    4  HPKX_1039_AG4C2.solexa.txt.assembled-25-12          365  100  301  1595  5658  51523  4522  11890  1650547 
 +
    5  HPKX_1172_AG0C1_090424.solexa.txt.assembled-25-30    217  107  557  3370  10683  58848  7099  15527  1540507 
 +
    6  HPKX_1172_AG0C2_2lanes.assembled-21-8                1170  100  264  717  1768  11444  1319  2661  1543511 
 +
    7  HPKX_1172_AG4C1_090424.solexa.txt.assembled-23-20    377  103  355  2178  6166  35180  4169  9160  1571948 
 +
    8  HPKX_1172_AG4C2.solexa.txt.assembled-25-15          317  100  274  1540  6256  37505  4987  14946  1581161 
 +
    9  HPKX_1259_NL0C1.scarf.assembled-21-17                1704  100  264  598  1274  7953  936  1606  1595297 
 +
    10  HPKX_1259_NL0C2.solexa.txt.assembled-23-12          410  102  240  928  4863  32792  3882  11295  1591864 
 +
    11  HPKX_1259_NL4C1.scarf.assembled-27-23                283  100  224  1098  6814  98400  5634  18624  1594699 
 +
    12  HPKX_1259_NL4C2.solexa.txt.assembled-23-12          455  102  222  874  4348  32792  3520  11010  1601950 
 +
    13  HPKX_1379_NL0C1.scarf.assembled-27-22                295  100  230  1243  7551  59556  5539  15858  1634019 
 +
    14  HPKX_1379_NL0C2.solexa.txt.assembled-23-12          416  100  216  1000  5177  53581  3931  11219  1635644 
 +
    15  HPKX_1379_NL4C1.scarf.assembled-25-23                328  100  227  1084  6601  61090  4996  14203  1638925 
 +
    16  HPKX_1379_NL4C2.solexa.txt.assembled-25-20          291  100  231  1501  6751  64227  5539  15080  1612046 
 +
    17  HPKX_345_AG4C1.scarf.assembled-27-22                251  100  241  1272  8265  97643  6534  19718  1640151 
 +
    18  HPKX_345_NL0C1.scarf.assembled-25-30                305  100  243  1146  6718  59632  5360  15874  1634815 
 +
    19  HPKX_345_NL0C2_090424.solexa.txt.assembled-25-26    283  100  254  2009  8300  59229  5629  13524  1593064 
 +
    20  HPKX_438_AG0C1.scarf.assembled-27-25                267  100  348  1710  8311  87876  6071  16918  1620975 
 +
    21  HPKX_438_AG0C2.solexa.txt.assembled-23-18            407  102  396  1777  5455  31183  3963  8830  1613167 
 +
    22  HPKX_438_CA4C1.scarf.assembled-27-26                237  100  348  1580  8856  97139  6845  19582  1622487 
 +
    23  HPKX_438_CA4C2.solexa.txt.assembled-23-11            485  101  363  1502  4408  35471  3332  7779  1616183

Revision as of 00:36, 10 October 2009

Data

Wustl Links:

SRA

Assemblies

    0  .                                                    elem  min  q1   q2    q3     max    mean  n50    sum      
    1  HPKX_1039_AG0C1.scarf.assembled-29-21                233   100  318  1700  9639   77743  7085  19912  1650899  
    2  HPKX_1039_AG0C2.solexa.txt.assembled-23-12           420   101  341  1684  5301   36588  3914  9412   1644043  
    3  HPKX_1039_AG4C1.scarf.assembled-27-22                271   100  217  1421  8273   90368  6115  17093  1657230  
    4  HPKX_1039_AG4C2.solexa.txt.assembled-25-12           365   100  301  1595  5658   51523  4522  11890  1650547  
    5  HPKX_1172_AG0C1_090424.solexa.txt.assembled-25-30    217   107  557  3370  10683  58848  7099  15527  1540507  
    6  HPKX_1172_AG0C2_2lanes.assembled-21-8                1170  100  264  717   1768   11444  1319  2661   1543511  
    7  HPKX_1172_AG4C1_090424.solexa.txt.assembled-23-20    377   103  355  2178  6166   35180  4169  9160   1571948  
    8  HPKX_1172_AG4C2.solexa.txt.assembled-25-15           317   100  274  1540  6256   37505  4987  14946  1581161  
    9  HPKX_1259_NL0C1.scarf.assembled-21-17                1704  100  264  598   1274   7953   936   1606   1595297  
   10  HPKX_1259_NL0C2.solexa.txt.assembled-23-12           410   102  240  928   4863   32792  3882  11295  1591864  
   11  HPKX_1259_NL4C1.scarf.assembled-27-23                283   100  224  1098  6814   98400  5634  18624  1594699  
   12  HPKX_1259_NL4C2.solexa.txt.assembled-23-12           455   102  222  874   4348   32792  3520  11010  1601950  
   13  HPKX_1379_NL0C1.scarf.assembled-27-22                295   100  230  1243  7551   59556  5539  15858  1634019  
   14  HPKX_1379_NL0C2.solexa.txt.assembled-23-12           416   100  216  1000  5177   53581  3931  11219  1635644  
   15  HPKX_1379_NL4C1.scarf.assembled-25-23                328   100  227  1084  6601   61090  4996  14203  1638925  
   16  HPKX_1379_NL4C2.solexa.txt.assembled-25-20           291   100  231  1501  6751   64227  5539  15080  1612046  
   17  HPKX_345_AG4C1.scarf.assembled-27-22                 251   100  241  1272  8265   97643  6534  19718  1640151  
   18  HPKX_345_NL0C1.scarf.assembled-25-30                 305   100  243  1146  6718   59632  5360  15874  1634815  
   19  HPKX_345_NL0C2_090424.solexa.txt.assembled-25-26     283   100  254  2009  8300   59229  5629  13524  1593064  
   20  HPKX_438_AG0C1.scarf.assembled-27-25                 267   100  348  1710  8311   87876  6071  16918  1620975  
   21  HPKX_438_AG0C2.solexa.txt.assembled-23-18            407   102  396  1777  5455   31183  3963  8830   1613167  
   22  HPKX_438_CA4C1.scarf.assembled-27-26                 237   100  348  1580  8856   97139  6845  19582  1622487  
   23  HPKX_438_CA4C2.solexa.txt.assembled-23-11            485   101  363  1502  4408   35471  3332  7779   1616183